行政機關的接收概分為臺灣總督府及其所屬機關、以及州廳的接收。臺灣總督府及其所屬機關由臺灣省行政長官公署負責接收，州廳則分由8個州廳接管委員會接收。接收工作從民國34年(1945)11月1日展開，依陳儀指示的方針「行政不中斷、工廠不停工、學校不停課」，並且確立接收行政機關的3項原則：一、維持：原有的機構或業務，在不急於變更或尚未決定變更之前，為使行政不中斷，均暫時維持現狀。二、整理﹕組織不建全之機構或過於分散之業務，接管後集中整頓，以提高行政效能。三、改革：違背人民需要及不合國情之制度，接管後立即加以革新，以發揮三民主義的精神。
民國34年(1945)10月28日，臺灣省行政長官陳儀訓令臺灣地區日本官兵善後連絡部長安藤利吉，臺灣全省已於10月25日歸入中華民國版圖，除軍事部分由臺灣省警備總司令部負責接收外，原臺灣總督府及其所屬各機關、文件、財產、及事業等項，統歸長官公署接收。基於接收行政組織的3項原則，在接收的方式上較為特殊，是以建立對等機構的方式來進行。長官公署在接收之前業已衡量總督府原有的單位，並且設立性質類似的相對單位。因此，在接收的過程中，組織調整幅度不大，大體承襲總督府原有的組織架構。
為協助統治政策的實施，日人在臺灣建立了嚴密的警察制度，臺灣總督府民政局內務部即設有警察課。明治34年(1901)改制為民政部警察本署，大正8年(1919)改為民政部警務局，下設警務課、理蕃課、保安課、衛生課。臺灣光復後，臺灣省行政長官公署，下設警務處，負責接收警務局，掌理全省警察行政。民國36年(1947)5月15日，臺灣省政府成立，仍設警務處，並依臺灣省政府合署辦公施行細則規定，掌理臺灣警政。
臺灣省行政長官公署為處理本省各級地方行政工作，及繼續行使政權與籌設縣市政府，於民國34年(1945)11月6日訓令臺北州(按：主任委員連震東)、新竹州(郭紹宗)、臺中州(劉存忠)、臺南州(韓聯和)、高雄州(謝東閔)、臺東廳(謝真)、花蓮港廳(張方成)、澎湖廳(陳松堅)，分設8個接管委員會，辦理各該州廳以下各級行政機構接管工作，11月7日長官公署公布「臺灣省州廳接管委員會組織通則」。接管委員會主要工作，為州廳以下各級機關的接管、指揮監督州廳以下各行政機關繼續日常業務、籌備接收區內縣市政府之成立、考察幹部、選拔人才、執行長官公署與臺灣省接收委員會規定之事項。每個接管委員會設主任委員1人，委員2至6人，專員3至5人，均由行政長官遴選派任。遴選的標準包括：學識優良，富有行政經驗者；與接收有關各處會之高級職員；地方公正人士，具有碩望者。
民國34年(1945)11月8日起，各州廳接管委員會開始進行地方機關接收工作。其對行政組織的接收，包括州廳政府及其所屬機關、各郡市支廳街庄、公立學校、警政機關等。原定的接收工作進度為3個月，提早1個月完成，民國35年(1946)1月初已全部結束工作。州廳接管委員會隨即裁撤，並成立縣市政府，原有的5州3廳，成立5大縣3小縣，共計8縣。原有的11市，9市改為省轄市(按：臺北、高雄、基隆三市，由臺北、高雄、基隆三市政府分別接管)，較小的2市改為縣轄市。市屬的區會改為區公所，原有州廳下之郡役所改為區署，郡以下之街、庄役場改為鎮、鄉公所。