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臺灣作為一個以移民經驗為主的島嶼,早期始終無法擺脫水土不服和瘴癘逼人的負面印象。自鄭氏入臺以來,瘴癘問題始終是臺灣人煙稀少的主要原因,對於來臺灣的官兵來說,水土惡劣是生命一大威脅。瘴癘與氣候有關,整體而言,臺灣雨量充沛,林木蔥鬱,霧山雲海,在洪荒未闢之時,呈現荒煙瘴雨之自然景象。清初文人對於臺灣自然環境的評價,頗似唐宋文人對於中國南方之描述,不外乎都是炎熱、潮濕、高溫、蠻荒等負面描述,這種環境本就容易滋生細菌與寄生蟲。。因為缺乏現代醫學的知識,故無從解釋疾病散佈的原因,對於風土病的流行,多半抱著神祕而恐懼的印象。臺灣舊志中的「瘴」、「癘」、「疫」等,都是地方傳染病的泛稱,頗似西方醫學的「瘴氣論」。以今日醫學觀點來看,可能涉及瘧疾、霍亂、赤痢、登革熱等熱帶疾病。
臺灣防治傳染病的現代化措施,始於日治時期,以逐步見到成效,但因二次世界大戰與戰後諸多政治因素,導致公共衛生水準大幅落後。1945年,臺灣政權再度轉易,一開始政治、經濟皆不穩定,公共衛生之管制一度倒退,鼠疫、霍亂和天花又再度現蹤,整體疫情至1950年代後才逐漸趨緩,至1960年時才幾乎絕跡。此外,瘧疾早在臺灣光復前在本島已蔓延廣泛,戰後又因缺乏治瘧特效藥物,難以遏制瘧疾的流行。隨著中華民國接收臺灣,聯合國善後救濟總署(UNRRA)提供抗瘧藥物與滅蚊藥劑,採用「對人法」抑制瘧原蟲、降低威脅,並組織DDT噴射隊,撲滅瘧蚊,斬斷傳染媒介,以抑制瘧疾的流行。而美國洛克斐勒基金會則支持在屏東成立「瘧疾研究中心」(後更名為臺灣省瘧疾研究所)。另外,工作人員同步進行DDT野外噴射、家屋噴射以及河川自動沖流法等「對蚊法」的試驗,企求歸納出最有效的防疫模式。韓戰爆發後,中華民國持續獲得美國援助,投入防瘧實務,適逢1949年底中國大陸易幟,中國農村復興聯合委員會遷至臺灣,扶植政府各級衛生單位,並與臺灣省瘧疾研究所通力合作,共同訓練防瘧人員,落實瘧原蟲檢測作業,強化DDT噴射實務,並加強防瘧教育宣導,並於1952年參與世界衛生組織的四年防瘧計畫與全球瘧疾根除計畫,以達到澈底落實瘧蚊撲滅及完全根除瘧疾的目標。經過一連串努力與後續計畫之監控,世界衛生組織的瘧疾專家到臺灣查定撲瘧結果,認定撲瘧成功,中華民國終於1965年12月取得瘧疾根除證書,成為當時全世界完全根除瘧疾的八個成功國家之一。
此外,疫苗的注射對於撲滅臺灣的傳染病,也起到關鍵的作用。1948年,開始出現白喉的「類毒素」,1954年時,臺灣省衛生處的血清疫苗製造研究所自行研發,白喉、百日咳、破傷風三合一混合疫苗,1959年後達到全面施打之目標,使得這三種疾病幾乎根除。此外,像是小兒麻痺、日本腦炎等病,也都在1950至1960年代肆虐臺灣,兩者都因為有疫苗問世而使得病例逐漸減少。另外,臺灣地區是全球B型肝炎高感染地區之一,15―20%的國人為B型肝炎帶 原者,估計約三百多萬人。1970年代,經由宋瑞樓、陳定信等人的努力,以實驗說服政府實施肝炎防治政策。1980年代孫運璿擔任行政院長時,科技顧問組負責人是李國鼎,宋瑞樓在會議中大聲疾呼:「肝炎是國病!」李國鼎遂於1982年將「肝炎防治」列為國家八大重點科技之一。1986年,全國的嬰兒都要注射B肝疫苗,臺灣是全世界第一個全面施打B肝疫苗的國家。但是新興傳染病不斷出現,1980年代初出現的登革熱、2003年的SARS和2019年底的新冠肺炎,都對臺灣造成重大影響,但也促進了臺灣公共衛生制度與醫療技術的成長,例如SARS疫情時,行政指揮系統混亂,遂於2003年成立「國家衛生指揮中心」,以統一防疫資源與政策,「防疫視同作戰」,成為該中心最重要的座右銘,做好準備,因應下一次疫情之到來。
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