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臺灣作為一個以移民經驗為主的島嶼，早期始終無法擺脫水土不服和瘴癘逼人的負面印象。自鄭氏入臺以來，瘴癘問題始終是臺灣人煙稀少的主要原因，對於來臺灣的官兵來說，水土惡劣是生命一大威脅。瘴癘與氣候有關，整體而言，臺灣雨量充沛，林木蔥鬱，霧山雲海，在洪荒未闢之時，呈現荒煙瘴雨之自然景象。清初文人對於臺灣自然環境的評價，頗似唐宋文人對於中國南方之描述，不外乎都是炎熱、潮濕、高溫、蠻荒等負面描述，這種環境本就容易滋生細菌與寄生蟲。。因為缺乏現代醫學的知識，故無從解釋疾病散佈的原因，對於風土病的流行，多半抱著神祕而恐懼的印象。臺灣舊志中的「瘴」、「癘」、「疫」等，都是地方傳染病的泛稱，頗似西方醫學的「瘴氣論」。以今日醫學觀點來看，可能涉及瘧疾、霍亂、赤痢、登革熱等熱帶疾病。
臺灣防治傳染病的現代化措施，始於日治時期，以逐步見到成效，但因二次世界大戰與戰後諸多政治因素，導致公共衛生水準大幅落後。1945年，臺灣政權再度轉易，一開始政治、經濟皆不穩定，公共衛生之管制一度倒退，鼠疫、霍亂和天花又再度現蹤，整體疫情至1950年代後才逐漸趨緩，至1960年時才幾乎絕跡。此外，瘧疾早在臺灣光復前在本島已蔓延廣泛，戰後又因缺乏治瘧特效藥物，難以遏制瘧疾的流行。隨著中華民國接收臺灣，聯合國善後救濟總署（UNRRA）提供抗瘧藥物與滅蚊藥劑，採用「對人法」抑制瘧原蟲、降低威脅，並組織DDT噴射隊，撲滅瘧蚊，斬斷傳染媒介，以抑制瘧疾的流行。而美國洛克斐勒基金會則支持在屏東成立「瘧疾研究中心」（後更名為臺灣省瘧疾研究所）。另外，工作人員同步進行DDT野外噴射、家屋噴射以及河川自動沖流法等「對蚊法」的試驗，企求歸納出最有效的防疫模式。韓戰爆發後，中華民國持續獲得美國援助，投入防瘧實務，適逢1949年底中國大陸易幟，中國農村復興聯合委員會遷至臺灣，扶植政府各級衛生單位，並與臺灣省瘧疾研究所通力合作，共同訓練防瘧人員，落實瘧原蟲檢測作業，強化DDT噴射實務，並加強防瘧教育宣導，並於1952年參與世界衛生組織的四年防瘧計畫與全球瘧疾根除計畫，以達到澈底落實瘧蚊撲滅及完全根除瘧疾的目標。經過一連串努力與後續計畫之監控，世界衛生組織的瘧疾專家到臺灣查定撲瘧結果，認定撲瘧成功，中華民國終於1965年12月取得瘧疾根除證書，成為當時全世界完全根除瘧疾的八個成功國家之一。
此外，疫苗的注射對於撲滅臺灣的傳染病，也起到關鍵的作用。1948年，開始出現白喉的「類毒素」，1954年時，臺灣省衛生處的血清疫苗製造研究所自行研發，白喉、百日咳、破傷風三合一混合疫苗，1959年後達到全面施打之目標，使得這三種疾病幾乎根除。此外，像是小兒麻痺、日本腦炎等病，也都在1950至1960年代肆虐臺灣，兩者都因為有疫苗問世而使得病例逐漸減少。另外，臺灣地區是全球B型肝炎高感染地區之一，15―20％的國人為B型肝炎帶 原者，估計約三百多萬人。1970年代，經由宋瑞樓、陳定信等人的努力，以實驗說服政府實施肝炎防治政策。1980年代孫運璿擔任行政院長時，科技顧問組負責人是李國鼎，宋瑞樓在會議中大聲疾呼：「肝炎是國病！」李國鼎遂於1982年將「肝炎防治」列為國家八大重點科技之一。1986年，全國的嬰兒都要注射B肝疫苗，臺灣是全世界第一個全面施打B肝疫苗的國家。但是新興傳染病不斷出現，1980年代初出現的登革熱、2003年的SARS和2019年底的新冠肺炎，都對臺灣造成重大影響，但也促進了臺灣公共衛生制度與醫療技術的成長，例如SARS疫情時，行政指揮系統混亂，遂於2003年成立「國家衛生指揮中心」，以統一防疫資源與政策，「防疫視同作戰」，成為該中心最重要的座右銘，做好準備，因應下一次疫情之到來。
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