臺灣民間一直有飼養雞、鴨、豬等牲畜做為家庭副業的習慣。戰後初期，政府為提升糧食生產效率、農民收入，又更積極鼓勵農民飼養各種牲畜作為副業，如乳牛、豬、安哥拉山羊、肉兔、梅花鹿等。其中安哥拉山羊、肉兔雖因無法適應臺灣風土、飲食習慣而消失，但其他牲畜的飼養，長期以來，為臺灣農民帶來可觀的收入。另外，牲畜、魚類的肉、奶是飲食中重要的蛋白質來源，戰後臺灣長期推廣、增產畜牧、魚類捕撈，逐漸提高臺灣人飲食蛋白質的攝取量。
在臺灣農村中，畜牧作為家庭副業由來已久。以養豬為例，在清末在臺洋人的眼中，豬隻可說是漢人生活中不可或缺的一部份。早期飼養豬隻多使用廚餘、農業廢料、野菜，成本相當低廉。豬隻養成後除了用以節慶祭祀、日常飲食外，也可以販賣來增加收入。而飼養豬隻所產生的排泄物，在化肥還未問世的年代，更是農家重要的作物肥料來源。透過早期的豬隻飼養也可看到，當時農家充分地利用畜牧週邊資源，以達到效益最大化。
在戰後初期，牛、豬等牲畜為臺灣重要的畜牧資源，為農民增加收入，甚至提供勞動力。但當時爆發的幾次重大牛、豬傳染病，如牛、豬瘟、丹毒等，對於農村經濟影響很大。政府單位除研發疫苗，以防制傳染病的再度流行外，也經常推行畜牧競賽，鼓勵農民增產或培育肥壯健康的牛、豬隻，引導農民注意牲畜的營養、健康，強化繁殖、育種技術。
民國41年（1952），臺糖為了有效利用空地以及培養蔗田地力，開始規劃養豬，並於43年（1954）於新竹糖廠之大埔農場設置種畜場，該種畜場於62年（1973年）改制為畜產研究所，早期主要從事豬隻品種改良，並以企業化模式養殖豬隻，使得臺糖豬肉成為臺灣著名之肉品品牌，後加入乳牛飼養、生產乳品、牛乳檢驗技術開發等業務。
早期牛乳被認為是營養豐富的食品，但由於保存不易、來源有限，加上價格對一般人來說相對高昂，因此發展有限。隨著政府在民國40年代開始推動酪農業，臺灣本地牛乳產量逐漸上升，但當時銷路、保鮮設備還不發達，許多業者除了生產滅菌鮮奶外，也研發出其他易於保存的乳製品，如煉乳、奶粉、保久乳，讓缺乏保鮮設備的消費者，也能夠從這些乳製品中攝取營養。
戰後初期臺灣在物資匱乏的狀態下，除了極力推廣常見的牲畜—豬、牛、羊增產外，也嘗試開發其他畜產資源，如動物皮毛、兔肉、鹿肉、鹿茸等，以提高畜產的附加價值，增加收入、其他種蛋白質來源，替代進口原料。
政府為了增加民眾營養來源，以及鼓勵農家運用剩餘勞力、增加副業收入，從民國46年（1957）起至53年（1964），透過第二期四年經濟建設計畫，推廣酪農業，此階段以家戶飼養為主，在中、北部相當盛行，至53年（1964）年底，臺灣已有4900多頭乳牛。戰後政府長期獎勵酪農業，但在53年（1964）、64年（1975）曾因銷路未能即時跟進、進口乳製品衝擊而發生危機。1980年代後從政府協調廠農配合，並輔導農家副業朝向專業化轉型，穩定乳製品的供應與銷售。
進入工業化社會後，臺灣的肉品的生產與消費日益專業化，從早期的人工屠宰，逐漸改為大量電宰，更加整潔衛生，且能杜絕傳染病的擴散。除此之外，肉品加工技術的引進，如冷凍、醃漬等，使得肉品更容易保存，風味也更加多元。
隨著農業改良與畜牧專業化的發展，臺灣的畜牧業逐漸從家戶養殖，轉型為大型專業養殖，因此牲畜的換肉率、抗病率的改善也就更加重要，農業學者從飼料著手，改良飼料的營養比例，提高了牲畜得換肉率，減少疾病的發生。
魚類是臺灣人重要的蛋白質來源之一。在戰後，如何透過養殖、海洋捕撈魚類，以增加魚類捕獲量，一直是當時政府相當重要的課題。如民國35年（1946）吳振輝、郭啟章自新加坡引進俗稱「南洋鯽仔」的莫三比克口孵非鯽（Oreochromis mossambicus）作為養殖食用魚，即著名的「吳郭魚」，經過多年改良後，成為臺灣養殖漁業中的大宗。另外，像高價值的鰻魚養殖、遠洋鮪魚捕撈，也為臺灣人帶來不少收入。