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1945年，臺灣政權轉易，一開始政治、經濟皆不穩定，公共衛生之管制一度倒退，鼠疫、霍亂和天花接連爆發，整體疫情至1950年代後才逐漸趨緩。疫苗的注射對於撲滅台灣的傳染病，也起到關鍵的作用。1948年，開始出現白喉的「類毒素」，1954年時，臺灣省衛生處的血清疫苗製造研究所自行研發，混合破傷風、白喉和百日咳等混和三合一疫苗，1959年後達到全面施打之目標，使得這三種疾病幾乎根除。此外，像是小兒麻痺、日本腦炎等病，也都在1950-1960年代肆虐臺灣，兩者都因為有疫苗問世而使得病例逐漸減少。
臺灣地區是全球B型肝炎高感染地區之一，15%~20％的國人為B型肝炎帶原者，估計約三百多萬人。1970年代，經由宋瑞樓、陳定信等人的努力，以實驗說服政府實施肝炎防治政策。1980年代孫運璿擔任行政院長時，科技顧問組負責人是李國鼎，宋瑞樓在會議中大聲疾呼：「肝炎是國病！」李國鼎遂於1982年將「肝炎防治」列為國家八大重點科技之一。1986年，全國的嬰兒都要注射B肝疫苗，臺灣是全世界第一個全面施打B肝疫苗的國家。但是新興傳染病不斷出現，1980年代初出現的登革熱、2003年的SARS和2019年底的新冠肺炎，都對臺灣造成重大影響，但也促進了台灣公共衛生制度與醫療技術的成長，例如SARS疫情時，行政指揮系統混亂，遂於2003年成立「國家衛生指揮中心」，以統一防疫資源與政策，「防疫視同作戰」，成為該中心最重要的座右銘，做好準備，因應下一次疫情之到來。
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