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1949年5月，1949年5月，由於國共內戰政府軍事失利的緣故，在共軍渡江後政府隨即南遷至廣州，由於倉促遷徙的關係，各行政機關與人員均未能依照原建制規模搬遷，此時中央主管公共衛生事業的衛生部降編並改為內政部衛生署，同年9月再降編為衛生司。
隔年政府遷臺後，與衛生司一同遷臺的衛生機關則有中央衛生實驗院、麻醉藥品經理處及藥品供應處三個單位。衛生司下設五科，分別掌理中央衛生業務，如第一科的醫療機構管理業務、第二科的藥商及藥品製造業務、第三科的法定傳染病防治業務、第四科的國民營養業務、第五科的護產業務。由於當時的衛生司編制較小，雖有業務機關的設置，但無法充分發揮功能。
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