日據時期，日人在臺灣的公共衛生建設成果是有目共睹的。光復後，臺灣公共衛生透過醫療設施的接收、醫院的增設，已達到一定的水平。然而在傳染病方面，因與國內交通頻繁，而海港檢疫工作一時停頓，以致民國35年(1946)有天花、霍亂及鼠疫疫情發生，所幸未久即已控制，而這也讓政府意識必須確實做好防疫工作，在此期間亦增設7所市立傳染病院，針對患者予以隔離治療，而為了讓公共衛生更臻完善，各縣市置衛生院掌理衛生行政，各鄉鎮區設衛生所，辦理衛生保健，村里設衛生室辦理衛生事務。
清咸豐年間(1860年代)臺灣對外開港通商，西方醫療制度亦隨著傳教士而引進，實為臺灣接觸現代醫院照護作業的濫觴。明治28年(1895)，日本人在臺北大稻埕設立臺灣病院，隸屬臺灣總督府民政局，是日本在臺灣開設公立醫院的嚆矢。在此之後，各地陸續設立公立醫院，並於明治31年(1898)起，公立醫院歸由臺灣總督府轄屬。除此之外，各地亦有臺人或日人開設的地方醫院或私人診所。光復後，臺灣省行政長官公署接管臺灣總督府所屬醫院，如日本紅十字會臺灣支部醫院、迎產婦人科醫院、鐵路醫院、療養院等，亦接收私人開設醫院與診所，以及各地防疫機構，為臺灣醫療與防疫工作奠定基礎。
傳染病實為人類社會的公敵，必須採取適當的應對措施，以保障民眾生命安全。日據時期，臺灣法定急性傳染病包括霍亂、赤痢、傷寒、副傷寒、天花、斑疹傷寒、猩紅熱、白喉、流行性腦脊髓膜炎、流行性腦炎以及鼠疫等。光復後，臺灣與大陸各省交通往來頻繁，卻疏忽海港檢疫工作，致使民國35年(1946)爆發天花、霍亂及鼠疫。臺灣省行政長官官署為了防止疫情擴散，展開各項防疫工作，其中以增設傳染病院為當務之急，截至民國38年(1949)全臺灣有臺北、基隆、臺中、彰化、嘉義、高雄、屏東等7所市立傳染病院，針對各項傳染病患者予以隔離、治療，以降低疫疾的危害程度。
光復後，臺灣省八縣九市置衛生院，掌理地方衛生行政事務，衛生院設置醫政、防疫、保健、總務等股，並兼設衛生分院、衛生所、保健所、瘧疾防治所以及傳染病院等，以完善公共衛生實務。民國37年(1948)12月8日，臺灣省政府公布「臺灣省各縣(市)衛生機關組織規程」，依規定縣(市)設衛生院，並依人口數分甲、乙、丙三等，掌理各縣(市)衛生行政及技術事宜，衛生院所在地若未設有省立醫院者，應設立門診部及20至40病床之病室，超出者可將醫院之醫療部分劃出成立縣(市)醫院；而各縣(市)得視實際需要及地方財力、人力、物力，酌設傳染病院、花柳病防治所、瘧疾防治所、結核病防治所、砂眼防治所、婦嬰保健所、托兒所等機構。
光復後，臺灣省行政長官公署除了接收日本官方醫院成立省立醫院，和接收日人私人診所成立市立醫院外，為了照顧民眾的健康，增設醫療資源乃為必然之舉。若各縣(市)衛生院所在地未設有省立醫院者，應設門診部及20至40病床之病室，例如高雄縣及臺中縣市之衛生院即設有門診部；超出40病床數者劃出成立縣(市)醫院，例如在民國36年(1947)有臺中縣立民生醫院、臺南縣立醫院，臺北市則擁有市立第一、第二內科醫院，市立第一、第二、第三外科醫院，市立第一、第二、第三產婦科醫院、市立眼科醫院，以及市立耳鼻咽喉科醫院。
衛生所曾是臺灣公共衛生體系最主要的基層組織，職掌診療疾病與急救；推行種痘及預防注射，並舉行各種防疫工作；瘧疾、寄生病蟲、砂眼、結核病、性病等之防治；飲水改良、垃圾糞便汙水處理、蚊蠅撲滅等環境衛生工作；婦嬰衛生及安全助產；學校衛生、口腔衛生以及衛生教育宣導等有關衛生的工作。光復後，臺灣各縣市衛生工作由各縣市政府衛生院籌劃，各鄉鎮區設衛生所辦理該地衛生保健工作，村里則設衛生室掌理村里衛生事項。民國36年(1947)，臺灣省政府衛生處成立後，為推動地方衛生保健業務，乃積極展開設置衛生所計畫，以落實公共衛生實務。