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臺北市大安醫院前身可追溯到日治時期的臺北病院艋舺八甲庄隔離室，1896年改稱為「臺北縣避病院」，以收容鼠疫患者為主，為臺灣傳染病醫療之濫觴。1899年改名為「城南病院」，1913年改為「稻江醫院」，由時任臺北醫院院長稻垣長次郎兼任院長。戰後更名為「臺北市立稻江傳染病院」，1949年因空軍醫院進駐而被遷移至臺北市基隆路三段，改稱「臺北市立傳染病院」。1968年改名為「臺北市立傳染病醫院」，1977年再更名為「臺北市立大安醫院」。1986年，臺北市立大安醫院裁撤，由臺北市立仁愛醫院接管醫療業務，傳染病疫情消毒及病源追蹤工作則由衛生局接辦。
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