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國防醫學院於1947年6月1日成立，主要由軍醫學校與陸軍衛生勤務訓練所兩單位整併改組而成。其校史可延續自1902年由袁世凱在天津小站練兵時所成立的北洋軍醫學堂，至今已有一百二十年的校史，是我國歷史最悠久的軍事院校。
整併改組後的國防醫學院，目標在建立一所完整培育醫學人才的軍醫系統。體制採「六級八類」體制。六級指的是六種教育程度，分別為進修程度、大學程度、專科程度、初中程度、高小程度、初小程度；八類則代表八種科別的人才，分別是醫師、牙醫師、護士、藥師、衛生工程、衛生裝備、衛生檢驗、衛生行政。1949年，國防醫學院遷至現今臺北公館的水源地營舍，擁有與國立臺灣大學醫學院不同的醫學經驗，兩者共同為臺灣的醫療與公共衛生發展作出重大貢獻。
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