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臺灣是個四面環海的海島型地理環境，在尚未發明航空飛行儀器之前，海運是臺灣唯一對外往來的運輸方式。歷經荷據、鄭氏、清領、日治乃至戰後臺灣等不同階段，海運與整個臺灣發展密切相同。
自清代臺灣開港以來，「一府、二鹿、三艋舺」代表當時三個臺灣重要的海運集散港口，乃至於到了日治時期，由於日本南進軍事政策的制定，海港建設成為當時臺灣交通建設重要的一環，加強建設基隆、高雄兩個港口，以至於足以停靠較大型的軍事及商用船舶，奠定了現今臺灣海港建設的基礎。
民國34年（1945）臺灣光復後，臺灣省行政長官公署將臺灣當時現有已建設之沿岸各港口，區分為沿岸與對外港口。其中規模較大的基隆與高雄為臺灣對外運輸的港口，其餘包含淡水、花蓮、臺中、安平等規模較小的港口，則為沿岸港口。至38年（1949），當時臺灣海運航線佔多數的兩岸航線，由於政府在國共戰爭失利，至該年12月宣布中央政府遷徙來臺，徹底中斷了兩岸各城市的往來航線，使得臺灣的海運發展大為縮限。
爾後，隨著政府在臺灣的情勢日漸穩定後，在海運方面亦逐漸與亞洲及世界各國開闢對外航線。至民國60年代，政府大力推動十大建設，其中與海運發展相關的為闢建臺中與蘇澳兩港，以及中國造船公司的設立，這些舉措使臺灣海運發展成就貿易，促使經濟有顯著成長。至今，海運已成為臺灣不可或缺的對外聯繫與貿易活動之重要一環。
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