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國民政府軍事委員會於民國14年（1925）7月1日成立於廣州，統轄國民政府內所有陸海空軍隊及相關的軍事單位。國民革命軍北伐成功後，於民國17年（1928）11月將其所有職權轉移至國民政府軍政部、參謀本部以及軍事參議院，隨即結束階段性任務。民國21年（1932）上海一二八事變爆發後，為因應日本的侵略，國民政府再度恢復軍事委員會，由蔣中正擔任委員長。
依照原先規劃，軍事委員會主要職權在於對外軍事方面，盧溝橋事變啟動全面對日抗戰後，民國26年（1937）8月30日，蔣中正以軍事委員會為最高統帥部，不另設大本營，原大本營所設各部則轉隸軍事委員會，由軍事委員會委員長行使陸海空最高統帥權，並授權蔣中正委員長為中國戰時政府最高統領，擁有軍事、行政、立法等要素之決策。因此軍事委員會成為當時國內一個具有各方面管轄權力的行政單位，成為抗戰期間最高的黨政軍決策機構。
抗戰勝利後，政府為因應即將實施憲政，進行軍事組織變革，於民國35年（1946）5月31日裁撤軍事委員會，職權則移至新成立的國防部。
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