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馬匹在古代就被視為是重要戰爭工具之一，其功用分為直接與間接性。直接性即將馬匹當成騎乘工具，投入戰場作戰，間接性在於將馬匹用於後勤運輸。直至對日抗戰時，馬匹仍是重要的一項軍需要素。
軍政部馬政司之設立，為國民政府正式有馬政行政機構之始。民國17年（1928）10月，國民政府行政院軍政部成立之時，關於獸醫相關單位分屬在軍醫司獸醫科與軍務司軍牧科，分別掌管牲畜之醫療與教育以及馬政建設與軍馬補充。
之後因有感於軍馬資源之缺乏以及馬政相關工作的重要性，故於民國25年（1936）6月，將軍醫署之獸醫組、軍務司軍牧科以及軍事委員會馬政委員會三個單位合併，成立馬政司，隸屬於同年成立之軍務署之下。馬政司的成立，也讓抗戰時期有關後勤運輸方面，有了制度化的規範。
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