第二次剿共結束後，民國20年(1931)6月，陸海空軍總司令蔣中正親臨南昌主持規劃圍剿計畫，以何應欽為剿匪前敵總司令，除第二次剿共的各路軍，另調第七軍與獨立第四師、獨立第五師加入戰鬥，並取消原來各路軍的作戰編組，改為左翼集團軍、右翼集團軍的戰鬥編組，左翼集團軍由何應欽兼任總司令，右翼集團軍由陳銘樞任總司令。共軍兵力則僅增加李明瑞的第七軍，無太大差別。
第三次剿共於民國20年(1931)7月1日展開，作戰地區在贛南之臨川、黎川、寧都、興國、吉安間的地區，先後發生南都寧都間、蓮塘黃陂、興國等戰役，國軍作戰大致成功。然9月初爆發寧粵分裂，9月18日爆發日軍侵略東北的九一八事變，使第三次剿共不得不中止。
第三次剿共結束後，中共趁國軍剿共行動暫停期間，於11月7日在瑞金成立中華蘇維埃共和國，並稱贛南地區為中央蘇區。至次年第四次剿共開始前，發動了贛州、漳州、南雄水口、樂安宜黃、建寧黎川泰寧等5次軍事行動。
第三次剿共左翼集團軍由剿匪前敵總司令何應欽兼任，其下編制第三軍團、第四軍團、第一路進擊軍、第二路進擊軍，目標由南豐方面向新豐、黃陂攻擊。
第三軍團由朱紹良任總指揮，下轄第五師、第八師、第二十四師等3個師；第四軍團由蔣鼎文任總指揮，轄蔣部第九師；第一路進擊軍由趙觀濤任總指揮，轄趙部第六師；第二路進擊軍由陳誠任總指揮，轄第十一師、第十四師兩個師。
第三次剿共左翼集團軍由陳銘樞擔任總司令，其下編制第一軍團、第二軍團、第三路進擊軍，任務目標是由永豐、興國向龍岡、良村進攻，並協同左翼集團軍剿共。
第一軍團由蔣光鼐任總指揮，下轄第五十二師、第六十師、第六十一師等3個師；第二軍團由孫連仲任總指揮，轄第二十五師、第二十七師等2個師及騎兵第一師；第三路進擊軍由上官雲相任總指揮，轄第二十三師、第四十七師、第五十四師等3個師。
第三次剿共期間，廣東省爆發廣東事變，對第三次剿共的中止有很大的影響。隨之在第三次剿共後不久，又發生寧都事變，為日後剿共戰爭投下變數。
廣東事變爆發於民國20年(1931)，是年2月，蔣中正軟禁胡漢民，引發粵系不滿，孫科、陳濟棠、汪精衛、唐紹儀通電反蔣，5月27日在廣州另組國民政府，由汪精衛任主席，繼而在9月初結合李宗仁的桂系北伐。南京國民政府面臨變局，剿共行動轉為消極圍堵。不久因九一八事變爆發，第三次剿共結束。
第三次剿共結束後，第二十六路軍奉令駐守寧都，軍長孫連仲。民國20年(1931)11月底，軍中中共秘密組織被破獲，蔣中正通電孫連仲查辦，已是中共秘密黨員的副軍長趙博生獲知消息，於12月14日發動兵變，全軍除第二十五師的1個團外，共1萬7千餘人被帶往中央蘇區投共，被中共編為紅五軍團，由原第二十六路軍第二十五師第七十四旅旅長季振同任總指揮，第七十三旅旅長董振堂任副總指揮，隸屬紅一方面軍。寧都事變使共軍兵力大增。
第三次剿共戰爭結束後，民國20年(1931)11月7日，中共於江西瑞金召開第一次全國代表大會，會中通過《中華蘇維埃共和國憲法大綱》，宣告獨立於中華民國之外的中華蘇維埃共和國成立，並稱所控制的區域為「蘇區」。
11月19日，全國代表大會選出63人組成中央執行委員會，由毛澤東擔任主席，項英、張國燾任副主席，作為全國代表大會閉會後最高權力機關。中央執行委員會下設人民委員會，處理日常政務，由毛澤東兼任主席，分設外交、軍事、勞動、財政、土地、教育、內務、司法、工農等9個人民委員部，以及國家政治保衛局、紅軍政治保衛師。
11月25日，再設立「中華蘇維埃中央軍事革命委員會」，負責指揮軍事行動，由朱德任主席，王稼穡、彭德懷任副主席。次年在國軍展開第四次剿共前，發動贛州、漳州、南雄水口、樂安宜黃、建寧黎川泰寧等5次攻擊國軍戰役。
民國20年(1931)9月，日軍進攻東北爆發九一八事變，旋又在次年1月，進攻上海，國軍奮起抵抗，爆發一二八淞滬戰役，為防日軍再啟戰端，國民政府抽調部分剿共部隊分赴江蘇、浙江、安徽沿江一帶佈防，江西國軍戰力相對空虛。
民國21年(1932)2月上旬，共軍以彭德懷指揮的第三軍團及第四軍為主力部隊，突襲圍攻贛州城，嗣又增調甫在寧都事變投共而編制的第五軍團參戰，總兵力約7萬多人，史稱贛州戰役；當時駐守贛州城的國軍為十八軍第十二師第三十四旅，加上地方團隊，兵力僅約8千人，一時之間，贛州情況危急。
第十八軍副軍長羅卓英獲報後，受命於2月21日率第十一師、第十四師自吉安出發救援，沿途受到共軍阻擊，迨3月5日始進抵贛州城西北地區；另尚有第五十二師第一三五旅從馬家洲趕向贛州支援。3月7日開始，國軍的守軍與援軍聯合，與共軍展開決戰，經多次激戰，共軍失敗，贛州城解圍。是役，共軍第三軍團第一師、第三師幾乎全滅，第七軍師長陣亡，第一師師長被俘，彭德懷亦負傷。國軍稱這場戰役為三次剿共以來最大勝利。
繼民國21年(1932)2、3月間的贛州戰役之後，共軍又先後在4月間自閩西進抵閩南，發動漳州戰役。
漳州戰役共軍的兵力以林彪指揮的第一軍團為主，其中，該軍團第四軍為主攻，第十五軍為助攻，第五軍團第三軍駐在南坪，為預備隊，總兵力約3萬多人，另有第十二軍、第十三軍兩軍駐在閩西，監視粵軍行動，以防增援。而國軍駐在漳州的守軍為第四十九師中的第一四五旅、第一四六旅等2個旅，兵力約1萬人。
漳州戰役於4月3日展開，6日，共軍佔領龍岩，21日佔領龍溪，並在漳浦與國軍對峙，國軍傷亡頗重。此後戰局膠著至7月，國民政府派遣第十九路軍赴閩救援，共軍退回閩西，戰爭結束。