民國26年(1937)10月，政府與中共達成協議，將福建、江西、浙江、安徽一帶，殘餘的「中國工農紅軍」與游擊隊萬餘人，編入國民革命軍序列，整編為「國民革命軍新編第四軍」(簡稱「新四軍」)，負責江蘇北部、安徽南部的游擊作戰。實際上，新四軍仍是由中共指揮，國軍與共軍缺乏互信基礎。民國29年(1940)10月，新四軍為擴張根據地發動「黃橋戰役」，重創國軍第八十九軍；12月，兩軍又爆發「曹甸戰役」。民國30年(1941)1月，國軍認為新四軍有意向東擴張，第三戰區司令長官顧祝同以違抗中央移防命令為由，調集5個師向新四軍發動攻擊，新四軍不敵潰敗，軍長葉挺等約2萬人被俘，新四軍的實際指揮者副軍長項英則被擊斃，傷亡近萬人。此事件為國共在抗戰期間的大規模武裝衝突，稱為「新四軍事件」或「皖南事變」。
民國23年(1934)，國民政府發動第五次剿共戰爭，中共所稱的「中國工農紅軍」除部分突圍離開，從事所謂的「兩萬五千里長征」，部分則仍在華南進行游擊戰。民國26年(1937)7月，抗戰爆發。同年10月，政府與中共達成協議，將華南的「中國工農紅軍」與游擊隊編入國民革命軍序列，整編為「國民革命軍新編第四軍」(簡稱「新四軍」)。新四軍在編成之前，主要根據地為福建、江西一帶，並擴及浙江、安徽，兵力最多在閩西、閩南，總人數約萬餘人。
民國26年(1937)12月，新四軍進行整編工作，雖名義為「軍」，但編制上僅為師，其下各級編制亦與國軍不同。新四軍的各級編制如下：軍(師級)、支隊(4個，旅級)、團隊(每支隊2團隊，團級)、大隊(每團隊4個大隊，營級)、中隊(每大隊3中隊，連級)、小隊(排級)、班。新四軍軍長為葉挺，因葉挺不是共產黨員，實際指揮則為副軍長項英。新四軍擔任江蘇北部、安徽南部的游擊作戰，隸屬第三戰區戰鬥序列，戰區司令長官為顧祝同。
新四軍軍長葉挺為政府與中共折衝下的人選，對於新四軍的指揮權力有限，葉挺曾於民國28年(1939)，想辭去軍長一職，被慰留而未成。第三戰區司令長官顧祝同曾向軍事委員會委員長蔣中正建議，葉挺既然無法統御，該軍又任意擴張，應該挑選適當人選取代。民國29年(1940)10月，新四軍為擴張根據地，由粟裕與陳毅指揮，攻擊韓德勤的抗日部隊，誘使國軍第八十九軍至江蘇省黃橋，導致第八十九軍長挫敗、軍長李守維陣亡，稱之為「黃橋戰役」。雙方對此事件均採低調，也埋下「新四軍事件」的前因。
民國30年(1941)1月，國軍認為新四軍於安徽省茂林一帶集結，企圖向東控制京滬杭(南京、上海、杭州)三角地帶。第三戰區司令長官顧祝同調集國軍第四十師、第四十四師、第五十二師、第六十三師、第七十九師等5個師，以違抗中央移防命令為由，向新四軍發動攻擊。戰鬥從1月5日持續至12日，國軍殲滅新四軍，俘虜軍長葉挺、政治部主任黃凌波等約2萬人，政委劉少奇逃脫，副軍長項英、政治部主任袁國平被擊斃。國軍傷亡僅2千餘人，新四軍屍體與傷患達萬餘人。
新四軍事件中被俘的軍官，均有錄製口供，包括：軍長葉挺、少將參謀長趙凌波、政治部上校秘書處長黃誠、政治部上校李子芳等人。主要內容為新四軍的組織、指揮系統、兵力佈署，以及新四軍在江南的活動策略。如葉挺供述新四軍在安徽南部約萬人、安徽北部約2萬人、江蘇南部約8千人、江蘇北部約4萬人、湖北中部兩股各約2千人；作戰決策由中共決定，並非他所能控制。
民國30年(1941)1月，新四軍事件結束後，國民政府取消新四軍番號；中共則在3月宣布重建新四軍。時值抗戰之際，政府採取低調態度，認為中共借此事件聯絡共產國際，向英美等國宣傳政府不打日本人，反而攻擊中國人，希望停止對政府的援助，以向政府施壓。此外，日本也趁機以此事件宣傳挑撥中國的抗戰。
國軍在民國40年代(1950年代)初期，曾對於國共之間的多次戰役進行檢討。對於新四軍事件，分析雙方優缺點，如共軍優點：情報周詳，掌握對國軍兵力佈署，共軍組織嚴密、善於宣傳；共軍缺點：高階軍官意見分歧，下級指揮能力薄弱；國軍優點：黨政軍配合適宜，部隊調動迅速，軍官士兵士氣旺盛；國軍缺點：限於財力人力，黨政工作不夠落實，情報與防諜技術不足。