民國38年(1949)4月，長江江防被共軍突破，戰局急轉直下，東南沿海各省亦相繼失陷，國軍在退無可退之下，僅能轉進東南沿海島嶼，伺機等待反攻機會。然而，即使共軍渡海作戰經驗不足，仍希冀能在最短時間將國軍擊潰，遂貿然進行東南沿海島嶼戰役。儘管攻下平潭島、廈門、大榭島、金塘島、南澳島…等島嶼，但國軍仍奮力一戰，所幸先有金門古寧頭大捷，後有登步島大捷，造成共軍重大傷亡，使共軍不再輕易發動島嶼戰，除非有萬全準備，這亦讓國軍更有充裕時間部署海南與舟山兩大島嶼之兵力。惟當局考量若要反攻大陸，拯救大陸同胞，復興中華民國，必須要先確保臺灣復興基地。而要能確保臺灣復興基地，必須要集中一切兵力，遂決定自海南、舟山撤軍。
民國36年(1947)11月20日已擬定「蘇魯冀海岸分區關閉辦法」，僅規定開放連雲港、青島、威海衛、煙臺、龍口等港口。嗣因國軍剿共順利，至民國37年(1948)可控制的港口更多，但仍有些口岸因情勢尚未穩定而維持關閉狀況。民國38年(1949)4月底，長江天險被共軍突破後，戡亂局勢明顯不利國軍，5月底淞滬撤守後，6月26日，政府宣布實施關閉政策，海軍奉令執行關閉大陸沿海任務，以艦隊主力集結舟山群島，對蘇浙沿海及長江口嚴密監視，不時分遣艦艇巡弋沿海，以截捕中外籍資敵船隻，斷絕共軍海上交通。然隨著東南沿海港口的失陷，關閉區域至民國39年(1950)2月，已擴大有蘇浙沿海區(包括黃海區、東海區)、閩海區、粵海區。
為利用水雷確實關閉敵港起見，民國38年(1949)8月30日海軍總司令部擬訂「關閉匪區海港佈雷計畫草案」，佈雷計畫之方針係海軍為徹底關閉敵區海港，執行政府決策，除以艦隊嚴密監視敵港敵岸執行關閉任務外，並遵照政府指示，於敵區港口敷設水雷，以期確實遮斷共軍海上交通，使一切輪舶不能進出，從而斷絕共軍之海上貿易與補給，加速其崩潰，以便利爾後國軍之反攻。12月21日起，正式在敵區海岸港灣之領海內佈雷。
平潭島位於臺灣海峽北端，東瀕臺灣之淡水，西隔海壇峽與福建福清相對。北有東引、馬祖，南趨烏坵、金門。扼守福清灣、興化灣門戶，控制臺灣海峽海上交通北端孔道，形勢極為衝要。共軍第十兵團葉飛所部，自民國38年(1949)8月下旬攻陷福州後，即積極備戰，企圖進佔平潭島，南窺金、廈列島。後獲悉國軍還在整編狀態中，認為有機可乘，隨即在9月11日發動攻勢。全島防務主要由第七十三軍第二三八師擔任，另有第五十一師駐防。經多日激戰，國軍潰敗，16日午後，平潭本島全部陷落於共軍之手。撤退至牛山島、東庠島之第七十三軍殘部，17日中午轉進馬祖，平潭島戰役結束。
民國38年(1949)9月下旬，共軍先後將澳頭、集美、漳州、石碼、嶼仔尾、嵩嶼攻佔後，即搜集船隻，從事渡海訓練，作攻擊廈門之準備。國軍第九十六軍撤往澎湖、金門外，劉汝明第八兵團(下轄第五十五軍、第六十八軍)則集結廈門，積極構築工事，加強防務。10月12日，共軍第二十八軍攻佔大小嶝後，揚言攻擊金門。10月15日共軍以第二十九軍與第三十一軍主力，分由澳頭、集美、嵩嶼，向廈門本島及鼓浪嶼攻擊。隨著戰事失利，16日6時後各部隊指揮官及其高級幕僚紛紛要求調集船隻以行緊急撤退，17日廈門失陷。
民國38年(1949)5月下旬淞滬撤退後，舟山與臺灣為重要復興基地，舟山尤為臺灣之右臂，其戰略地位相當重要，這亦是淞滬撤退部分國軍轉進舟山的重要理由。共軍亦伺機奪取舟山群島，其戰略係先攻陷舟山之周邊島嶼。大榭島是舟山群島最靠近大陸的島嶼，只有0.32海里的間隔。距離舟山本島約4海里，是大陸通向舟山本島的門戶之一，這也使大榭島成為共軍首要目標。
8月18日18時30分，在砲火猛烈轟擊下，共軍4個突擊營向大榭島進攻，渡海時即以船上火力壓制國軍火力，因此只用15分鐘就在大榭島南部搶灘登陸成功。在突破國軍的前沿陣地後，突擊部隊分三路向縱深穿插分割，迂迴包圍。至當日午夜，包圍了大榭島主峰七頂山（守軍團部在此）。經激烈戰鬥，8月19日拂曉，共軍攻戰七頂山，團長陣亡，守軍大被殲滅，大榭島失陷。
金塘島位於舟山本島以西海面，是舟山群島的第三大島，與浙江鎮海相距2.6海哩。該島是舟山西側的屏障，扼控鎮海金塘水道的要衝。共軍在攻下大榭島後，金塘島成為其下一個目標，一旦攻陷，舟山島西側門戶大開，對舟山島將造成威脅。因此，共軍於民國38年(1949)10月3日17時30分趁雨隙發動攻擊。位於穿山半島北岸、黃蟒和大榭島的49門大口徑火砲首先進行1小時的火力襲擊。然後共軍乘坐300多條船分別由三山及太平橋等地起渡，向金塘島南部海岸線登陸，22時佔領灘頭陣地。經過不到3天的激戰，駐防於金塘島第一零二師潰敗，至6日11時撤出官兵1千5百餘，金塘島失陷。
民國38年(1949)10月17日廈門失陷，金門防務日益加重，並得知共軍企圖於27日以前結束金門戰事，因此加強鞏固金門防務。10月25日淩晨，共軍萬餘人渡海攻擊，因錯估潮流被飄到瓊林與古寧頭之間的海岸登陸，國軍立即反擊。島嶼戰鬥無路可退，雙方竭力拼搏，戰鬥異常激烈。國軍指揮得當，經一夜戰鬥逐漸掌握戰場優勢，至上午突破共軍陣地，殘餘共軍退據古寧頭一帶。當日夜晚，共軍冒險登陸增援少量部隊，想保留住灘頭堡。26日下午，國軍全力圍攻共軍，在戰車與步兵的協同作戰下，佔領古寧頭。27日，國軍掃蕩戰場，俘虜躲藏的共軍近千人，戰役至此完全結束。依據當時國軍的統計，國軍負傷1,982人、陣亡1,267人；俘虜共軍7,059人、擊斃超過6千人。此役與11月6日舟山群島之登步島大捷，是國軍自民國38年(1949)下半年以來少有的勝利，具有鼓舞人心之作用。
民國38年(1949)11月登步島戰役前夕，舟山本島以南，幾僅存登步島為唯一屏障。定海、沈家門對外之航運，均以花蓮洋為進出口，而登步島則為該進出口之屏障。共軍認為若奪下登步島，將可阻斷國軍的重要運補路線，亦可阻斷國軍撤退。11月3日夜，共軍乘天雨在熾盛砲火掩護下，於21時許在登步島南端賴家、王家岙之線強行登陸，登步島戰役於焉展開。共軍突破守軍第八十七軍第二二一師(欠一團)海岸附近陣地後，相繼侵佔島南沿海野猪塘山等一帶高地，並佔領島中要點流水岩、東制高點砲臺山等要地，第二二一師主力被逼退守大山亘張細港山之線。在第六十七軍的馳援下，經多日的反撲，終在6日7、8時左右全部繳械，此次來犯之共軍悉數就殲，而達成登步島之光榮勝利。登步島大捷不僅穩定舟山局面，且為國軍大陸失敗後，繼金門大捷後又一大勝利，對民心士氣及國際觀感影響頗大。
南澳島位於閩粵交界雲澳灣中，扼韓江之出口，當潮、汕之門戶，隨時可以進趨閩之韶安、粵之黃崗與饒平。北東兩面可與東山島及臺、澎遙相呼應，截斷共軍南海之海上交通，實為一發展海上及閩粵邊區之良好游擊根據地。民國39年(1950)2月12日，共軍第一二一師一部糾合劉永生部，復乘汽船8艘、木船50餘隻，進佔南澳西北5公里之鳳嶼，自是南澳門戶洞開。2月23日9時許，共軍復糾集萬餘人，配有砲兵1部，由叛艦光國號掩護，分乘汽船10餘艘、帆船百餘隻，強行登陸，竄據甕嶼、案嶼、蕪萊，並開始向南澳島我陣地砲擊。黃昏後，共軍在其優勢砲火掩護下，由拓林島、海山島分東西兩股，分乘汽船6艘、機帆船26艘、木船百餘隻，開始向南澳本島竄犯。守軍在寡不敵眾下，相持至24日晨，彈盡援絕，南澳島終失陷。
民國39年(1950)3月起，共軍不斷以機帆船隻載運部隊，陸續偷渡海南島各地，從事進犯海南島的準備。海軍以第三艦隊主力及所屬砲艇控制瓊州海峽，擊毀共軍偷渡海峽的船隻，防衛海南島安全，並協同陸上友軍作戰，以阻止共軍進犯。4月16日共軍傾全力進犯海南島，17日登陸成功，戰事持續至22日，海口危急，瓊北戰局急轉直下，政府為保全國軍有生戰力，遂主動放棄海南島，轉進臺灣，以充實復興基地防衛力量。海南島撤運時間自民國39年(1950)4月22日起至5月2日止，歷時11天。
民國39年(1950)5月11日酉時，共軍第三十一軍第九十一師主力配合土共劉永生等2個團，由礁尾、陳岱、林頭等處向東山島砲擊約1個小時後，繼以7千餘共軍分由港口、灰窰、白厝、長山尾、岐下、宮前等處強行登陸，守軍加以抵抗，卒因共軍兵力為國軍兩倍，不敵。至亥時國軍在海軍潮安艦及二零三掃雷艇掩護下，分由東山、繪東等2個港口轉進金門。
民國39年(1950)5月，政府審度當時國際情勢及分析敵我之優劣條件，認為舟山軍民雖在防衛司令官石覺7、8個月以來的組訓之下，已完成總體性的完整戰備，對殲滅犯敵具有實力及信心。惟共軍空軍力量在蘇聯的支援下明顯提升，國軍之空軍優勢已不能確保，制空權不在，連帶制海權亦喪失，無法執行封鎖長江任務，使得舟山戰略價值不復存在，並造成敵我相對形勢上的不利。為集中兵力於臺灣以鞏固反共力量，遂有舟山撤退。
共軍自古寧頭戰役慘敗後，經多次集會研討始決定以「奇襲方式而奪取陣地據點，再求擴大以攻取金門，進而攻取臺灣，爭取全面勝利」為戰略。因此，民國39年(1950)7月26日共軍發動大擔島戰役，國軍沉著應戰，官兵戰鬥意志堅定，士氣旺盛，均以「敵存我死」、「誓不兩立」的心理，勇往直前。再加上胡璉司令官的「人人納入組織」、「個個都能戰鬥」之要求下，在不到一天的時間，即將來犯之共軍擊潰。