臺灣現代衛生醫療體系的建置與發展，最早可溯自清末西洋傳教士來臺醫療傳道，隨後日治五十年的殖民統治，加上後來中華民國中央政府遷臺後的一連串醫療公衛建設有著密切關係。
清末傳教士馬雅各、馬偕、戴仁壽等人為臺灣引入了西式醫學教育並設西醫館；日治時期臺灣總督府更系統性建立現代醫療體制，總督府民政長官後藤新平（Goto Shinpei 1857-1929）始辦醫學校推動現代化的醫學教育、制定初步的近代衛生制度、推展衛生措施、改善衛生環境等等，為臺灣奠下近代醫療衛生制度與醫學科學的根基。臺灣總督府之施政，更重視傳染病的預防，全島開設官立醫院、興修上下水道、制定公醫制度等，讓醫學與公共衛生知識普及於社會，中期透過各種相關施政使近代衛生與疾病觀深入民間。1945年二戰結束後國民政府接收臺灣，承繼日本統治下的衛生醫療政策與教育體系，又進一步擴充基層衛生所網絡，並成功建立防疫體系與制度。於臺灣省行政長官公署民政處置衛生局，並於各縣市政府之下至衛生院，掌理地方衛生行政技術事宜，策劃推行公共衛生。
臺灣光復之初，政治、經濟皆不穩定，公共衛生疏於管制，鼠疫、霍亂及天花再度現蹤，因傳染病而死亡的人數節節升高，迫使政府實施檢疫，以遏止疫情的蔓延。以瘧疾為例，當時全臺六百萬人中，就有一百二十萬人罹患瘧疾。1946年起，我國政府獲得洛克菲勒基金會（Rockefeller Foundation）的協助，在高雄潮州（潮州鎮於1950年屏東設縣時，才從高雄縣併入屏東縣）成立臺灣瘧疾研究中心（1948 年更名為臺灣省瘧疾研究所），投入新藥物的試驗，工作人員也進行DDT 野外噴射、家屋噴射以及河川自動沖流法撲滅病媒的方法，希望歸納出最有效的防疫模式。韓戰爆發後，臺灣持續獲得美國援助，1951年起，世界衛生組織（World Health Organization, WHO）又陸續和我國簽訂瘧疾防治和監視計畫，持續提供藥物和殺蟲劑，投入防瘧實務，直到1965年終於根除瘧疾。
疫苗注射在臺灣撲滅傳染病的歷史上，更扮演關鍵角色。日治時期，總督府引進牛痘並普遍施打，1920年代左右大部分民眾對天花已具有免疫力。到了戰後，1948年臺灣引進白喉疫苗；1950年推動卡介苗接種，以預防結核病；1954年臺灣省衛生處自行研發，製成白喉、百日咳、破傷風三合一混合疫苗，1959年後全面施打，使得這三種疾病幾乎根除。此外像是小兒麻痺、日本腦炎等，也曾在1950至1960年代肆虐臺灣，兩者都因為有疫苗問世而使得病例逐漸減少。
此外，臺灣公衛史上的大事，就是臺灣地區是全球B 型肝炎高感染地區之一，患者雖然沒有明顯的症狀，但卻容易導致肝硬化、肝癌等病變。1970年代，有學者以實驗說服政府實施肝炎防治政策，經過多年的呼籲，1980年代初期，政府已準備推動新生兒全面施打B型肝炎疫苗，但引起輿論大肆撻伐，不少臺灣民眾對於疫苗注射還是有很深的疑慮，甚至批評醫界要將臺灣新生兒當成實驗品。面對排山倒海的批評，宋瑞樓、陳定信等醫學家力排眾議，親上廣播、電視臺宣導，用簡單的話語說明疫苗注射對於防範肝病的重要性。1986年開始，全國新生兒都必須接種B型肝炎疫苗，我國成為全世界第一個全面施打B型肝炎疫苗的國家。
1949年，國防醫學院（前身為軍醫學校，1947年6月1日成立於上海江灣）遷臺，軍醫院體系在臺灣醫療現代化的進程上，也扮演功不可沒的角色。另外，1954年高雄醫學院成立，為臺灣第一所私立醫學院，早期以熱帶醫學和蛇毒蛋白研究著名，1958年中國醫藥學院醫學院成立，為第一所培育中醫師的學校，我國現代醫學教育乃漸趨完備。
臺灣直至1970年前，由於受到美國及其他世界組織的協助，穩固強化了衛生體制的建置、援助醫學院選派醫護衛生人員赴國外進修、知識與技術的援助等，對臺灣現代醫療與衛生政策有相當大的影響。美援的衛生計畫以國家發展、繁榮經濟為主要考量；教育方面則援助國防醫學院、臺大醫學院等校系，選派醫護衛生人員赴國外進修，提供與支持醫院或醫學院的硬體設備、人員訓練經費，並協助成立師範大學衛生教育系，長期推動臺灣的護理教育。
在美援影響的各種衛生計畫的制定中，協助臺灣運用DDT噴灑的方式掃滅瘧蚊，這是臺灣第一個名揚國際的「瘧蚊撲滅大計畫」。在1960至1980年代間又協助結核病的防治，除了包含其他世界組織的外援經費外，設立了防癆專責機構，讓臺灣的防癆與防瘧工作與世界同步，並讓世界衛生組織及西方主流社會的防癆及防瘧知識與技術深植於臺灣社會。臺灣醫事人員的訓練與專業制度設計，在醫學教育、臨床制度與操作方式都因美援而產生了一定影響。