國共戰爭初期本實施「綏靖作戰」，惟共軍業經1年7個月之擴充與整備，自認武裝力量已漸充實，遂連續擴大叛亂，以達其奪取政權之目的，「綏靖」可謂無效。惟為戡平共軍叛亂，民國36年(1947)7月5日政府公布「厲行全國總動員，戡平共匪叛亂方案」的動員戡亂令，宣告全國總動員，進入「戡亂作戰」時期。民國37年(1948)4月18日第一屆國民大會進一步三讀通過《動員戡亂時期臨時條款》，並於5月10日公布實施，授權總統為避免國家或人民遭遇緊急危難或應付財政經濟上重大變故，可以下令緊急處分，不受憲法的限制。
在軍事行動上，國軍奉令戡亂，雖繼續執行綏靖時期的作戰計畫，但其作戰意義乃受全國國民所委託，且因安撫中共無效，遂繼「綏靖作戰」之後進行「戡亂作戰」。此時，共軍由其所謂「戰略防禦」轉為「戰略進攻」，叛亂行動更為擴大。魯西南地區作戰、膠東作戰、平保線作戰、四平街戰役、遼西會戰、徐蚌會戰、平津會戰…等皆是前期「戡亂作戰」的重要戰役。
雖然戰區主官(管)會定期或不定期報告戰區情勢，但上級仍會親自(如國民政府主席、國防部長、總長、總司令…)或派戰地視察小組至戰區視察。一方面藉以督導，以防下級報告不實，另一方面也以旁觀者清的角度提出戰區部隊的優缺點，並提供改進意見。此外，視察者所提出的視察報告及改進意見，也將被抄發至業務負責單位(如國防部各廳局部、聯合勤務總司令部…)配合辦理。
透過剿共手牒講授、高呼口號，並做剿共政治問答、表揚部隊戰績、發動後方人士慰勞前線將士、鼓吹崇敬軍人運動、編發軍中畫報及連環畫冊、演出激勵士氣之戲劇與編唱剿共歌曲等方法，來提高士氣，以利剿共。此外，不費一兵一卒之統戰以取得民心或使敵人投降、甚至起義來歸，最終贏得勝利，更是戰爭中常採用的方法。空投發放各種宣傳品，並派人前往從事鼓動工作等方式，則可影響淪陷區之軍心民心向背。
共軍除了正規軍之外，地方上也有所謂的「土共」，常佔據地方並對國軍突襲，也配合共軍做較大規模的軍事行動。由於土共的機動性，因此也造成國軍追剿的困難。土共中以「邊區夷匪」最難以對付，其對邊區地形的熟悉，往往要花更多的兵力去追剿。追剿是要花成本，若能撫順邊夷，則可被國軍吸收，一舉數得，惟其順從性並非都能持久不變，可能因故又成為敵對者。
戡亂初期，正值共軍由「戰略防禦」轉向「戰略進攻」。首先由共軍劉伯承所部於民國36年(1947)7月初，由冀豫邊區第三次南渡黃河，實施共軍之「三路大軍挺進中原」一案。國軍為捕殲劉伯承所部，陸軍徐州司令部及鄭州指揮部均調遣兵力，企圖包圍共軍於魯西南地區而加以殲滅。作戰結果，雖敵我傷亡均重，但國軍整三十二師全滅，豫北湯陰亦失陷。8月初，劉伯承所部由魯西南竄大別山，已威脅到武漢及江南。
民國36年(1947)3月起，國軍對共軍在當時全國最大的佔領區山東，發動重點攻擊，且一直處於主動局面。當時國軍即已確定三大戰略目標：佔領政治根據地延安、佔領軍事根據地沂蒙山、佔領交通供應根據地膠東及煙臺。8月國軍佔領沂蒙山根據地後，膠東半島已是山東國軍最後一塊根據地，醫院、傷員、兵工廠、後方機關(傷員和後勤機關人員超過5萬人)都集中在膠東，而膠東半島又是連接關內、關外最重要跳板，且大部分人員物資是通過煙臺到東北。因此，國軍遂於9月發動膠東作戰，收復煙臺，惜未能捕殲共軍許世友所部。
民國37年(1948)2月下旬，共軍囊括遼南之後，其主力第一、二、三、七、九等縱隊，分別由瀋陽東西方向迂迴北上，迅速展開對開原、四平之進犯。2月28日，開原失陷，守軍全部犧牲。共軍既攻陷開原，3月3日起，其第一、三、七、十等縱隊，分由法庫、康平、昌圖、開原等地集結後，北上進犯四平。守軍第七十一軍第八十八師，竭盡全力固守城垣，經激戰多日，守軍傷亡慘重，彈盡援絕，迄3月15日，四平淪陷。自此，長春、瀋陽、錦州三地，從此各別完全陷於獨立。
隨著中共的擴大叛亂，民國36年(1947)7月進入動員戡亂時期，而海軍的任務也更加重要，無論是獨立作戰、協同作戰或擔任巡弋與轉進任務，在國共戰爭中皆扮演重要角色。為讓國軍、尤其是海軍瞭解到海軍整體作戰計畫，海軍總司令部會視戰況來擬定不同時期的「海軍剿匪作戰計畫」，並說明計畫目標。海軍轄下重要單位也必須依據海軍總司令部的剿匪作戰計畫來擬定其作戰計畫，以期更全面、更周延地達到清剿共軍之總體目標。
民國36年(1947)9月，從華北抽調3個師出關增援東北國軍，共軍晉察冀野戰軍乘機於10月11日派第二縱隊圍攻徐水，以相機打援。國軍從涿縣、霸縣方向來援，晉察冀野戰軍以第三、四縱隊北上阻擊，雙方膠著於徐水、固城、容城之間。15日，在保定綏靖公署主任孫連仲的督促下，駐石家莊的第三軍軍長羅歷戎率1個師1個團北上，企圖南北夾擊晉察冀野戰軍。晉察冀野戰軍一面以一部偽裝主力繼續圍攻徐水，抗擊援軍；一面調集主力6個旅秘密兼程南下，將羅歷戎部1萬餘人包圍於清風店地區，22日被殲滅，羅歷戎被俘，扭轉了晉察冀戰局。共軍也趁此機會，接續發動平漢路南段戰鬥，至11月中，保定以南覆滅，石門陷敵，平漢線保定安陽間及正太路全斷。