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戰後臺灣的公共衛生行政組織發展，以業務功能而言，分為1945年11月至1947年5月的臺灣省行政長官公署衛生局、1947年5月至1971年3月的臺灣省政府衛生處以及1971年後的行政院衛生署，這三個時期為主。
台灣公共衛生行政機關分為中央與省市地方各自進行。戰後以原總督府警務局的衛生課改組為衛生局，隸屬於臺灣省行政長官公署民政處，為臺灣省最高衛生行政主管機關。1947年，行政長官公署改制為省政府，將原本民政處下的衛生局改為省政府衛生處，由顏春輝擔任首任處長。在中央則有1947年5月成立的衛生部以及1949年後降編的內政部衛生司。而後由於經費與組織編制原因，中央的衛生事業較無法發揮作用，主要以臺灣省政府衛生處在推動執行在臺的公衛事業。直至1971年行政院衛生署成立後，中央的衛生業務才逐漸發揮功效。
在藥事行政方面，戰後有關藥事的管理由臺灣省行政長官公署民政處衛生局的第四課主管其業務。臺灣省政府設立後，管理單位則改由衛生處第三科管理。藥政主要分為藥商管理與藥品管理兩類，當時臺灣的藥商分有西藥商、中藥商、西藥種商、中藥種商、臨時西藥種商、臨時中藥種商、成藥調製商、藥品零售商、成藥攤販商等九類。並以〈臺灣省管理藥商辦法〉，針對各類藥商進行管理規範。藥品管理方面則以〈臺灣省查驗成藥辦法〉來規範藥品的調製、輸入與使用。
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