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戰後臺灣的公共衛生行政組織發展，如以能發揮實際公衛業務功能而言，主要以臺灣光復後1945年11月至1947年5月的臺灣省行政長官公署衛生局時期、1947年5月至1971年3月的臺灣省政府衛生處時期以及1971年以降的行政院衛生署時期三個階段為主。
1945年國民政府接收臺灣後，公共衛生行政機關雖分為中央與省市地方各自進行，然在中央部分，1947年5月成立的衛生部以及至1949年底政府遷臺前已降編的內政部衛生司而言，在遷臺後由於經費與組織編制的原因，中央的衛生事業較無法發揮其作用，主要以臺灣省政府衛生處在推動執行臺灣的公衛事業。在省的部分，以原總督府警務局衛生課改組為衛生局，隸屬於臺灣省行政長官公署民政處之下，為臺灣省最高衛生行政主管機關。1947年5月後，行政長官公署改制為臺灣省政府，將原隸屬民政課下的衛生局改隸省政府，為臺灣省政府衛生處，由顏春輝擔任首任處長。直到1971年行政院衛生署成立後，中央的衛生業務才逐漸發揮其功效。
在藥事行政方面，臺灣光復後，有關藥事的管理由臺灣省行政長官公署民政處衛生局的第四課主管其業務，在臺灣省政府設立後，其管理單位則改由省府衛生處第三科管理。藥政主要分為藥商管理與藥品管理兩類，當時在臺灣的藥商分有西藥商、中藥商、西藥種商、中藥種商、臨時西藥種商、臨時中藥種商、成藥調製商、藥品零售商、成藥攤販商等九類，當時以〈臺灣省管理藥商辦理〉，針對各類藥商進行管理規範。至於藥品管理方面，戰後主要以〈臺灣省查驗成藥辦法〉來規範藥品的調製、輸入與使用。
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