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民國38年(1949)中央政府遷臺後，財政收入急遽減少，菸酒專賣收入成為國庫的重要財源。在財源短缺的時候，專賣利益甚至需每日繳解國庫，以解燃眉之急。民國70年代後期以來，公賣利益屢居國內公營事業首位。
根據憲法與財政收支劃分法的規定，專賣原屬中央政府權限，然因菸酒專賣收入占臺灣省庫歲入大半，民國46年(1957)菸酒專賣係由中央委託臺灣省政府代辦，除充作中央政府對省政府的補助，省政府時須撥出部分支援中央政府的政務支出。民國41年(1952)起公賣局預算除需報請省府核轉省議會審議以外，同時需報請行政院核轉立法院審議。自民國46年（1957）起，專賣利益的65%歸中央，其餘方歸省政府。菸酒事業收入於政府財政上占有重要的地位。
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