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海峽兩岸自國共戰爭爆發後，於民國38年（1949）因政治軍事等因素中斷雙邊往來，兩岸空中航線亦即中斷。直至76年（1987）政府以人道立場為由，開放國人可經由香港、澳門等第三地前往中國大陸進行探親，加以兩岸之間的商業行為日漸增加，在運輸需求大增且多段轉機航程不便的情況下，方為後來的兩岸直航開啟契機。
民國92年（2003）開始，兩岸先以春節包機形式，開啟兩岸城市直接飛航，後來包機形式從春節擴大到清明節、端午節、中秋節等傳統民俗節慶。除了以載客為主的民用航空用途外，自96年（2007）起也陸續開啟了醫療、貨運、人道救援等包機航線。隨著兩岸關係的改善，兩岸空中航線自98年（2009）8月31日起，也從包機形式改為定期航班。
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