日僑留用與遣送，主要由臺灣省行政長官公署於民國34年(1945)12月31日所設立之「臺灣省日僑管理委員會」執行，臺灣省行政長官公署並於民國35年(1946)2月15日公布「臺灣省日僑遣送應行注意事項」，規定日僑遣送或留臺依其志願及本省需要決定之標準如下：一、日僑志願留臺而政府認為無留臺需要者應即遣送回國；二、志願回國之日僑具有學術、技術或特殊專長之智能而政府認為有留臺之必要者，仍應繼續徵用令其留臺。35年4月臺灣開始實施首批日僑遣送，12月進行第二批日僑遣送，最後一批則在37年底至38年初陸續遣送。另日俘(在臺日本軍人)遣返工作則由臺灣省警備總司令部成立之日俘處理處負責。
民國34年(1945)12月15日，臺灣省行政長官公署公布「臺灣省日僑省內遷移管理暫行辦法」之後，為處理本省日僑之調查、管理及輸送起見，特設臺灣省日僑管理委員會，直隸於長官公署，並於12月27日以署法字第七一五號公布「臺灣省日僑管理委員會組織規程」，該委員會設主任委員1人，由民政處長兼任，職掌包括：一、關於中央及本省有關日僑一切命令訓示之傳達及執行事項。二、關於日僑之調查、統計及管理事項。三、關於遣回日僑之調配、輸送及給養事項。四、關於遣回日僑之衛生檢查事項。五、關於日僑秩序之維持事項。六、關於行政長官交辦事項。七、其他有關日僑之管理事項。由於民國35年(1946)2月8日長官公署公布「臺灣省日僑管理委員會基隆高雄辦事處組織規則」及「臺灣省各縣市日僑輸送管理站組織規則」，因此3月18日組織規程經修正，可為便利日僑輸送管理，得就衝要地點或各縣市設置分支機構。
民國34年(1945)10月25日臺灣光復後，著手各項復原工作，卻因人才短缺，各機關、學校、公司、工廠、農場等勢必留用日籍技術人員，以利其運作。因此，11月3日與12日臺灣省行政長官公署分別核准通過「臺灣省行政長官公署暨所屬各機關徵用日籍員工暫行辦法」與「臺灣省行政長官公署暨所屬各機關徵用日籍員工補充辦法」。後依據民國35年(1946)1月20日陸軍總司令何應欽有關徵服勞役之日俘及徵用日籍技術人員之4項辦法，臺灣省日僑管理委員會於2月15日公告「臺灣省日僑遣送應行注意事項」，規定日僑遣送或留臺依其志願及本省需要決定之標準如下：一、日僑志願留臺而政府認為無留臺需要者，應即遣送回國。二、志願回國之日僑，具在學術、技術或特殊專長之智能，而政府認為有留臺之必要者，仍應繼續徵用，令其留臺。至於可留用日籍技術人員名額，民國35年(1946)3月臺灣省行政長官陳儀曾與行政院長宋子文籌商准予留用日僑3萬5千人(連眷屬在內)，惟4月5日陸軍總司令何應欽通知美方僅同意留用2萬8千名(連眷屬在內)。
遣送日僑之作業係由民國34年(1945)12月31日成立的「臺灣省日僑管理委員會」予以執行，並依據民國35年(1946)2月15日公布「臺灣省日僑遣送應行注意事項」，規定日僑遣送或留用之標準，例如具有學術、技術或特殊專長之智能，而政府認為有留臺之必要者，仍應繼續徵用令其留臺。首批日僑遣送於35年4月，並於事前執行集中作業，例如基隆市區所有各小學校自3月10日起一律停課，暫充日僑集中宿舍。同年12月進行第二批日僑遣送，最後一批則在37年底至38年初陸續遣送。
日僑遣送工作由臺灣省日僑管理委員會負責，而日俘遣返工作則由臺灣省警備總司令部成立之日俘處理處負責。警備總部曾於民國34年(1945) 10月30日以軍字第一號命令軍事移交時，特准保留3個月份之糧食、隨身防寒被服(第二項第十八款)。由於臺灣受到戰爭嚴重摧殘，亟待整理修復，因此日俘遣返前，警備總部利用待歸日俘，從事海運恢復、空運恢復、營建整修、修復陸上交通、恢復工礦生產等工作。隨著輸送力激增，及為維持國家威信，民國35年(1946)4月10日將日俘遣返完畢。