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光復後，臺灣省八縣九市置衛生院，掌理地方衛生行政事務，衛生院設置醫政、防疫、保健、總務等股，並兼設衛生分院、衛生所、保健所、瘧疾防治所以及傳染病院等，以完善公共衛生實務。民國37年(1948)12月8日，臺灣省政府公布「臺灣省各縣(市)衛生機關組織規程」，依規定縣(市)設衛生院，並依人口數分甲、乙、丙三等，掌理各縣(市)衛生行政及技術事宜，衛生院所在地若未設有省立醫院者，應設立門診部及20至40病床之病室，超出者可將醫院之醫療部分劃出成立縣(市)醫院；而各縣(市)得視實際需要及地方財力、人力、物力，酌設傳染病院、花柳病防治所、瘧疾防治所、結核病防治所、砂眼防治所、婦嬰保健所、托兒所等機構。
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