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　　1949年5月，1949年5月，由於國共內戰政府軍事失利的緣故，在共軍渡江後政府隨即南遷至廣州，由於倉促遷徙的關係，各行政機關與人員均未能依照原建制規模搬遷，此時中央主管公共衛生事業的衛生部降編並改為內政部衛生署，同年9月再降編為衛生司。
隔年政府遷臺後，與衛生司一同遷臺的衛生機關則有中央衛生實驗院、麻醉藥品經理處及藥品供應處三個單位。衛生司下設五科，分別掌理中央衛生業務，如第一科的醫療機構管理業務、第二科的藥商及藥品製造業務、第三科的法定傳染病防治業務、第四科的國民營養業務、第五科的護產業務。由於當時的衛生司編制較小，雖有業務機關的設置，但無法充分發揮功能。

　　1947年，臺灣行政長官公署改制為臺灣省政府，亦將原屬民政處的衛生局改為省政府衛生處，由顏春輝擔任首任處長。衛生處下共設四科、五室，負責推動當時臺灣省各項公共衛生及醫療計畫，並肩負輔導與監督各縣市政府衛生工作進行。設立之初機關位於臺北市福州街12號，1956年遷往臺中縣霧峰，1969年再遷至南投縣中興新村，而後因精省結束業務。

　　戰後臺灣行政長官公署於民政處下設衛生局，主管臺灣地區衛生事業，為衛生行政主管機關，且在縣市政府下設衛生院，掌理地方衛生行政技術事宜，推行行政長官公署的公共衛生業務。在臺灣省政府衛生處成立後，依據「中央衛生事業綱領」，亦延續先前各縣市的衛生院設置政策，繼續推廣公共衛生。1961年，為加強地方自治及拓展公共衛生事業，將原先的衛生院擴大編制，改制為衛生局，僅陽明山管理局所轄的衛生院維持原制。

　　戰後根據行政院頒布的「省衛生處組織大綱」以及「中央衛生事業綱領」，地方的衛生工作以農村為發展對象。在全省各縣市設立衛生院，各鄉鎮市區普遍設立衛生所，偏遠山區及山地部落則設置衛生室，形成一個金字塔型的網狀衛生體系，由上至下的推行地方衛生工作。至1966年止，全臺灣鄉鎮市區皆已設置衛生所。衛生室則自1948年先設立山地衛生室120間，1968年增至216間，1981年開始於平地村里增設衛生室至404室，1991年底已增為523間。

　　臺北市大安醫院前身可追溯到日治時期的臺北病院艋舺八甲庄隔離室，1896年改稱為「臺北縣避病院」，以收容鼠疫患者為主，為臺灣傳染病醫療之濫觴。1899年改名為「城南病院」，1913年改為「稻江醫院」，由時任臺北醫院院長稻垣長次郎兼任院長。戰後更名為「臺北市立稻江傳染病院」，1949年因空軍醫院進駐而被遷移至臺北市基隆路三段，改稱「臺北市立傳染病院」。1968年改名為「臺北市立傳染病醫院」，1977年再更名為「臺北市立大安醫院」。1986年，臺北市立大安醫院裁撤，由臺北市立仁愛醫院接管醫療業務，傳染病疫情消毒及病源追蹤工作則由衛生局接辦。

　　日治時期臺灣就出現了許多療養院，當時的傳染病如黑死病、天花、瘧疾等，在透過日本已掌握的醫療知識技術、警察行政機關的控管下，頗有成效，遏阻了大規模傳染病的流行。當時急性傳染病雖能獲得控制，但臺灣因為社會習俗、衛生與營養、環境變化等所引起的慢性疾病與「惡習」，特別是與傳染有關的慢性疾病，如肺結核、癩病等逐漸成為總督府所需要面對的新問題。
1914年，日本通過了「關於設置肺結核療養所」的法律，在無力醫治結核病的年代，僅能以隔離的方式來防治結核病傳染，並建造療養所的方式來照顧結核病患者。同年，錫口養生院成立，最初只設有29個病床，為臺灣最早的結核病患收容機構。1925年，錫口養生院改稱為「松山療養所」，並改隸於臺灣總督府，由中央直接管理。後續亦有療養院的設置，如1930年成立的癩病療養樂生院，以及1934年成立的臺北養神院，戰後則更名為臺灣省立桃園療養院，皆可視為代表。

　　藥籤在臺灣的歷史，承接自閩南，至今已逾四百年。清初臺灣的移民社會中，廟宇是一種多功能的社教、文化與政治中心。臺灣民間信仰中有很多具有代表性的「醫藥神」，他們多為傳說中歷代善於醫術、丹藥之士，廟宇中藥籤即多藉神明之名，如呂祖藥籤、華佗藥籤、保生大帝藥籤、天上聖母藥籤、關聖帝君籤、觀世音菩薩籤等。最常見的即為醫神保生大帝，以臺北大龍峒保安宮出版的《保生大帝藥籤解》為例，籤方內容多數出自中醫典籍，如《濟生方》、《傷寒論》、《金匱要略》、《丹溪心法》、《聖濟總錄》、《太平惠民和劑局方》，可見藥籤與傳統中醫學的關聯性。藥籤在臺灣庶民醫療中最主要的特色為簡、便、廉、驗，對經濟落後醫藥不發達的當時大眾，是身心照護的重要方式。

　　日治時期，臺灣的藥商曾最高多達三千五百多家，大部分皆為中藥商。到了1940年因日本漢方醫學興起而逐漸遭到淘汰，日本政府也不再發給新的許可證，故此時臺灣經營的中藥商僅剩一千六百多家。
1947年8月2日，臺灣省政府頒布〈臺灣省管理藥商辦法〉，規定中藥商需經臺灣省中藥商考試及格後，才可以從事相關經營事業，但領有中醫士開業執照自營者則不在此限，且中藥商不得兼售西藥，而中藥店僅許為領有開業執照的中醫士配方。

　　藥用酒精俗稱乙醇，是從玉米或其他糧食，以糖化酶法發酵製成的，可以直接使用在皮膚上，安全性較高。目前藥局販售的「藥用酒精」需經中央衛生主管機關檢驗，符合中華藥典規定之標準，濃度為95％，主要用於醫療消毒，使用時要先稀釋成70-75％濃度，以達到最佳殺菌效果。

　　藥酒為加入各式中藥材所配製而成的酒類，中醫學統稱為酒劑，是一種具有強身、保健、醫療功效的液體型態藥品。分為內服跟外用兩種，通常以白酒或黃酒為溶媒，並選擇合適的中藥材釀製而成。戰後臺灣針對藥酒一開始並未有相關的法令進行管理，直至1963年3月31日才由行政院頒布〈臺灣省內含藥酒類管理辦法〉，開始對於藥酒的製造、功效、販售等進行規範。1973年1月11日改為〈臺灣地區含藥酒類管理辦法〉，並於2002年廢止。

　　美國醫藥助華會（American Bureau for Medical Aid to China，簡稱ABMAC）成立於1937年11月，由當時在美華僑與美方人士於美國成立的民間組織，對中華民國提供軍事所需的醫藥物資，並在華協助訓練醫事人員。1949年，時任ABMAC執行長的公衛專家劉瑞恆也將該機構遷往臺灣，其後基於人道援助關係，持續對臺提供援助，尤其是軍醫系統的國防醫學院，更是受其幫助及影響甚深。
1950年代，ABMAC以援助醫療相關事業為工作重點，並提供獎學金供我國派員前往美國進修，且對當時推行的抗瘧疾計畫、防癆計畫、協助醫學院建教合作計畫、推動學校衛生計畫、推動護理教育等，均有非常大的貢獻。在美援結束後，ABMAC也從援助轉為促進醫療與公衛工作的發展，對後至今醫療與公衛制度貢獻十分顯著。

　　中國農村復興聯合委員會（Sino-American Joint Commission on Rural Reconstruction，簡稱農復會JCRR），於1948年依據與美國簽訂的《中美經濟合作協定》，而共同組成的專責事業單位，以推動農村復興運動為目的，為戰後推動臺灣農業發展的重要推手。
在1950至1960年代期間，農復會通過經濟援助、社會網絡以及技術援助等計畫與美方合作，大量的在臺灣各地農村推行相關活動，企圖活化臺灣的農村經濟。除了農業經濟外，由於戰後臺灣是以農業為主的社會型態，與農村相關的人口健康與計劃生育等，亦是農復會所關心的重點。直至1979年農復會正式結束各項活動。

　　早年臺灣人工作辛苦，且普遍缺乏營養，工作又都是以農、工為主，如做工、種田、農耕，都是用耗體力的工作，所以很容易工作過度而痠痛。藥商經營廣告，也著重開發這一類的口服液，如明通治痛丹，採取薄利多銷策略，液體中可能含有咖啡因或肌肉鬆弛的效果，服用後筋骨不痠痛，又能驅除疲勞，很受消費者的歡迎，其他像「抗痛寧」，也是和疼痛有關。
在臺灣逐漸由農業轉工業後，這類口服液又強調增強體力為主，像是保力達、仙樂達、維士比等，都可以算是這類藥品，而中藥中也有虎骨酒一類的傳統藥酒可供選用，進而增強體力、消除疲勞、強身健體。為了迅速緩解不適症狀，這類口服液有時也會用中藥萃取物，一方面緩解症狀，也具有提神的效果，如友露安、克風邪，都是熱銷的口服液，在臺灣醫療史上是值得關注的現象。

　　外用藥膏包括眼用、耳用、止痛劑、抗感染製劑等，因不同症狀，適用不同的製劑，使用多久則需根據疾病種類、嚴重程度而有所差異。臺灣人較常使用外用藥膏在皮膚和外傷處理上，其中又分為油性藥膏，特性為不溶於水，不易被水洗去，因此封閉效果好，持久性較佳，一般用在厚皮組織；水溶型藥膏則可溶於水，可以水洗去，無油膩性，因此封閉效果較差。外用藥膏的功效，可分為物理作用及化學作用，包括乾燥、潤溼、軟化、潤滑、冷溫及防止刺激等方面，以及清潔、消毒、殺菌等添加各種藥物的藥理功能。戰後臺灣的外用藥膏，包括優碘、紅藥水（即紅溴汞）、紫藥水（龍膽紫，是一種染料類抑菌劑）和曼秀雷敦，大概都是陪伴多數臺灣民眾長大的老藥品。

　　濟眾水是早年臺灣民間常用於治療中暑、胃痛、腹瀉的症狀的成藥，在一般民間西藥房即可買的到，由中藥藥材熬製而成的深褐色藥水。除了以多種較具刺激揮發性的中藥藥材，如辣椒、生薑、陳皮等藥材外，也加入藥用酒精提煉，酒精濃度高達近50％。主要以解無法排汗的陰暑為主，具有增溫發汗的功效。

　　1904年，上海仕紳聯合在滬外國官商成立「上海萬國紅十字會」，以救助在東北日俄戰爭戰場上的難民為使命。民國建立後，改名為「中國紅十字會」，並獲紅十字國際委員會承認，直到1933年再改名為「中華民國紅十字會」，並隨遷臺至今。
民國時期，紅十字會對於傷病救護、難民濟助、協助推廣衛生教育，發揮了極大的功能，1949年後，進行恢復教育、訓練等業務。直至1987年開放大陸探親，為了保持臺海兩岸不直接接觸原則，紅十字會改以民間團體的名義，進行工作如臺胞探親服務、尋人通信服務、代發臺籍原日本兵弔慰金、見證遣返大陸偷渡客與刑事犯、刑事嫌疑犯、協助智障者、災害救助等。不論工作內容、型態和角色，都有了明顯的轉型。

　　世界衛生組織（World Health Organization，簡稱WHO）是聯合國的一個專責機構，負責統籌全球衛生事務的指導和協調。二戰結束後，在「健康為全球人類的基本人權與共同責任」的基本概念上，WHO肩負起全球醫療衛生領導、協調、行動、研究、教育與訓練、規範制定及國際合作等重要工作，並因應全球衛生所需，提供世界各國相關技術協力及緊急援助。從1948年成立以來，初以處理戰後各地的傳染病為主，先後進行過若干大規模的疾病根除以及控制計劃。1970年代後，WHO以全民均健（health for all）為目標，工作重點轉而落在基層衛生照護（primary care）的發展。

　　從1949年至1952年，臺灣主要反毒法律是「禁煙禁毒治罪暫行條例」。1955年後，反毒改採「戡亂時期肅清煙毒條例」和「麻醉藥品管理條例」等法條，1992年再修正更名為「肅清煙毒條例」，至1998年公布「毒品危害防制條例」。大體改革方向是將毒品管制從單純的犯罪轉向醫療管理，試圖降低毒品危害，並矯正吸毒者，使其可以正常回歸社會。

　　1970年所公布的《藥物藥商管理法》，即為1993年公布《藥事法》的前身，主要作為中、西藥之藥物與藥商的管理規定，並以中央行政院衛生署及各地方縣市政府為主管機關。在藥商的管理規則上，包含藥商之登記、販售、製造、執業人員、推銷員等，均受此法令規範管理。

　　樂生療養院建於1927年，為日治時期創設專以關治痲瘋病患（又稱漢生病、癩病、韓森氏病）的療養院，也是臺灣第一間專門以收治痲瘋病患的醫療病院。隨著痲瘋病患的漸增，在日治時期樂生療養院曾經歷四次的擴建，收治的痲瘋病患達700多人。
在癩病特效藥尚未出現之前，外界認為痲瘋病是無藥可治，因此當時採行隔離的政策，將痲瘋病患與外界強制隔離，此一政策在戰後也被臺灣省衛生局管理人員所延續，並將院名更改為臺灣省立樂生療養院。至1950年代才將象徵隔離的鐵絲網圍牆拆除，讓院內的病患得以與外界接觸。1961年，因〈臺灣省癩病防治規則〉的訂定，將痲瘋病患的治療方式由隔離方式改為門診治療。現今的樂生療養院則隸屬於衛生福利部下的醫療單位。

　　國軍的軍醫軍政機關可溯自國民革命軍總司令部的軍醫處，在北伐過程中改組為國民政府軍政部陸軍署軍醫司，1935年軍醫司改制升格為軍醫署，成為軍政部直屬機關，直至抗戰結束皆為國軍最高的軍醫行政機關。1946年國防部成立後，軍醫署改隸屬於聯合勤務總司令部之下，後歷經多次的改組，並在美軍顧問團的建議下，於1963年2月1日正式成立軍醫局，隸屬參謀本部。直至2002年公布〈國防部軍醫局組織條例〉後，將原參謀本部的軍醫局改為國防部管轄。

　　中日戰爭結束後，國民政府掌理臺政，自1946年開始依據《醫師法》展開中醫師的檢覈，但在中國大陸的國民政府衛生署、教育部的主事者本來就歧視中醫，而且戰爭剛結束，臺灣又被捲入國共內戰的潮流中，百廢待舉，故整體中醫檢覈和登記的狀況並不理想，整個1947年，臺灣省衛生處僅給與蘇錦全等全臺17位中醫登記而已。
　　關於中醫檢覈之規定，當時的法規為：（一）曾經中央主管官署或省市政府領有合格證書或行醫執照者。（二）在中醫學校修習醫學，並經實習，成績優良，得有畢業證書者。（三）曾執行中醫業務五年以上，卓著聲望者。1949年前後，申請中醫檢覈者，多依據上述的規定來辦理，原因在於1949年以前，全國並無政府立案之中醫學校，所以當時許多人在報上刊登「銘謝某某名醫」、「聲望卓著」等廣告，就可以登記為中醫師，甚至有不少中醫是由關說或地方政府自行認定而發給執照者，故造成一些弊端。經過這段時期中醫檢覈規範之寬鬆，中醫師人數呈現大量之增加。西醫吳基福曾提及此現象，表示：「臺灣光復後，中醫從滅絕邊緣重振聲威。他們大唱中國文化的高調，發起國粹主義的旗幟，自稱為「國醫」，但可惜的，中醫不圖經由學術及教育的道路以建立基礎，提升水準，卻捨本逐末的，致力要藉『廣告』以起飛，正想從政治上取得與西學同樣的合法平等地位。」則展現的是西醫當時的擔憂與反對立場。

　　1943年公布的《醫師法》與《助產士法》為我國最早的醫事人員任用法令。有關從事醫療衛生行為從業人員，如醫師、牙醫師、藥師、醫事檢驗師、護理師、助產師、營養師、物理治療師、心理師等，均需要由中央衛生主管機關認定並核發專門執業證書，且有其相關任用法令進行規範。後續亦有多次修法，以符合不同時代的需求。

　　軍醫院之任務為依據作戰佈署原則，可結合作戰區就近後送醫療，並配合主要戰區之規劃進行軍醫院設置的佈署，以發揮戰時及平時的衛生勤務功能。臺灣目前由國防部軍醫局所管轄的各軍醫院共有十四所，分布於北、中、南、東部及離島區域，部分醫院為日治時期舊有的軍醫院，戰後由國軍派員接收後改制運作至今。軍醫院平時除支援國軍醫療衛生勤務外，也開放一般民眾可前往就診，以及支援政府相關的衛生工作。

　　臺灣省立血清疫苗研究製造所成立於1952年，是日治時期成立的熱帶醫學研究所細菌血清學科，以及戰後臺灣省衛生試驗所血清疫苗製造部門兩個單位合併改組而成，成立後成為當時臺灣省研製血清與疫苗的主要單位。當時血清疫苗研究製造所由臺灣省政府與國立臺灣大學簽署三年的試辦合約，至1965年終止合作，由省府獨立接辦。1975年7月，臺灣省血清疫苗研究製造所改隸行政院衛生署，並更名為預防醫學研究所。

　　臺灣因地處熱帶與亞熱帶，瘧疾是常見的傳染性疾病，雖然1965年以後已從臺灣完全絕跡，也曾獲世界衛生組織頒發瘧疾根除的證明書，但從日治時期至戰後，卻是令臺灣十分頭疼的嚴重傳染性疾病。根據臺灣省行政長官公署的統計，當時全臺曾有將五分之一的人罹患瘧疾，戰後在美國洛克斐勒基金會的援助下，在潮州成立了臺灣瘧疾研究中心。1947年，臺灣省政府成立後，逐漸重視臺灣的公共衛生防治工作，遂將臺灣瘧疾研究中心改隸屬省府衛生處管轄，更名為臺灣省瘧疾研究所，由當時省府衛生處長顏春輝兼任所長。在往後將近二十年的時間，與洛克斐勒基金會的研究人員共同努力下，讓瘧疾從此在臺灣徹底絕跡。

　　戰後嬰兒潮造成臺灣人口快速增長，也連帶影響了整體經濟的發展，故當時衛生機關推動家庭計畫，希望透過節育來控制人口的快速增加。臺灣省政府衛生處從1959年開始推動「孕前計劃」，到1968年行政院頒訂的「臺灣地區家庭計劃實施辦法」，使家庭計畫的節育工作有所法源的依據。
1959年，臺灣省政府衛生處所屬的婦幼衛生研究所，是推動家庭計劃的最早研究與施行單位，至1975年成立臺灣省家庭計畫研究所，主要以人口生育調查研究、實際推動家庭計劃、優生保健等項目為其主管業務。所內員額共計有525名，除少數所內人員外，大多數人員皆派駐到各縣市及鄉鎮區公所辦理家庭計劃的公共衛生護士，將整個家庭計劃落實到基層的家庭之中。