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　　傳染病的防治 臺灣作為一個以移民為主的島嶼，早期始終無法擺脫水土不服和瘴癘逼人的負面印象。自鄭氏入臺以來，瘴癘問題始終是臺灣人煙稀少的原因之一，對於來臺的官兵來說，水土惡劣是生命一大威脅。瘴癘與氣候有關，臺灣雨量充沛，林木蔥鬱，霧山雲海，呈現荒煙瘴雨的自然景象。清初文人對於臺灣自然環境的評價，頗似唐宋文人對於中國南方描述，不外乎都是炎熱、潮濕、高溫、蠻荒等負面描述，而這種環境就很容易滋生細菌與寄生蟲。因為缺乏現代醫學的知識，故無從解釋疾病散佈的原因，對於風土病的流行，多半抱著神祕而恐懼的印象。臺灣舊志中的「瘴」、「癘」、「疫」等，都是地方傳染病的泛稱，頗似西方醫學的「瘴氣論」。以今日醫學觀點來看，可能涉及瘧疾、霍亂、赤痢、登革熱等熱帶疾病。
臺灣防治傳染病的現代化措施，始於日治時期，以逐步見到成效，但因二次世界大戰與戰後諸多政治因素，導致公共衛生水準大幅落後。戰後臺灣初期政治、經濟皆不穩定，公共衛生一度倒退，鼠疫、霍亂和天花又再度現蹤，整體疫情至1950年代後才逐漸趨緩，1960年時才幾乎絕跡。此外，瘧疾早在戰前在本島就已廣泛蔓延，戰後又因缺乏治瘧特效藥物，難以遏制瘧疾的流行。聯合國善後救濟總署（UNRRA）亦提供臺灣抗瘧藥物與滅蚊藥劑，採用「對人法」抑制瘧原蟲、降低威脅，並組織DDT噴射隊，撲滅瘧蚊，斬斷傳染媒介，以抑制瘧的流行。美國洛克斐勒基金會則支持在潮州成立「瘧疾研究中心」（後更名為臺灣省瘧疾研究所）。另外也同步進行DDT野外噴射、家屋噴射以及河川自動沖流法等「對蚊法」的試驗，企求歸納出最有效的防疫模式。
為了防治瘧疾，中國農村復興聯合委員會在美援支持下也協助各級衛生單位，與臺灣省瘧疾研究所通力合作，共同訓練防瘧人員，落實瘧原蟲檢測作業，強化DDT噴射實務，並加強防瘧教育宣導。1952年時參與世界衛生組織的四年防瘧計畫與全球瘧疾根除計畫，以達到澈底落實瘧蚊撲滅及完全根除瘧疾的目標。經過一連串努力與後續監控，世界衛生組織的瘧疾專家到臺灣查定撲瘧結果，認定撲瘧成功，於1965年12月取得瘧疾根除證書，成為當時全世界根除瘧疾的八個成功國家之一。
疫苗的注射對於撲滅臺灣的傳染病，也起到關鍵的作用。1948年，開始出現白喉的「類毒素」，1954年時臺灣省衛生處的血清疫苗製造研究所自行研發白喉、百日咳、破傷風三合一混合疫苗，1959年後達到全面施打之目標，使得這三種疾病幾乎根除。此外像是小兒麻痺、日本腦炎等病，也都在1950至1960年代肆虐臺灣，兩者都因為有疫苗問世而使得病例逐漸減少。臺灣曾是全球B型肝炎高感染地區之一，15―20％的民眾為B型肝炎帶原者，估計約三百多萬人。1970年代，經由宋瑞樓、陳定信等醫學家的努力，以實驗說服政府實施肝炎防治政策。1980年代，當時的行政院科技顧問組負責人李國鼎，在經過宋瑞樓的疾呼：「肝炎是國病！」遂於1982年將「肝炎防治」列為國家八大重點科技之一。1986年，全國的嬰兒都要注射B肝疫苗，臺灣成為全世界第一個全面施打B肝疫苗的國家。
雖有政府努力防治，但新興傳染病亦不斷出現，1980年代的登革熱、2003年的SARS和2019年底的新冠肺炎，都對臺灣造成重大影響，但也促進了公共衛生制度與醫療技術的成長。例如SARS疫情時，有鑑於行政指揮系統混亂，於2003年成立「國家衛生指揮中心」統一防疫資源與政策，「防疫視同作戰」成為該中心最重要的座右銘。

　　公共衛生是一門預防疾病、延長壽命、增進健康與效率的科學與知識，經由組織社區力量，從事環境衛生、傳染病管制、個人衛生 教育、組織醫護事項，以利早期診斷與治療，保障人人都有足以維持健康的生活水準。
戰後臺灣將總督府的警務局衛生課改制為衛生局，直隸於行政長官公署民政處，開始有了獨立負責衛生行政業務的機構。臺灣省政府成立後，衛生局升格成衛生處，為當時最高的衛生決策單位，在各鄉鎮則執行基層公共衛生建設，積極推動地方衛生業務。在美援和中國農村復興委員會的支持下，戰後有15間衛生所，至1960年增為300餘間。1947年時，省衛生處除了衛生行政業務外，亦掌管公害防治及環境衛生改善工作。
本主題強調的是增強國民體質、增進國民健康的面向來進行探討，包括婦幼衛生、國民營養、公廁建立、家庭計畫、民俗醫療管制、食品衛生、職業病、精神病、寄生蟲病等，均為當時公共衛生的重要成果。

　　戰後臺灣的公共衛生行政組織發展，以業務功能而言，分為1945年11月至1947年5月的臺灣省行政長官公署衛生局、1947年5月至1971年3月的臺灣省政府衛生處以及1971年後的行政院衛生署，這三個時期為主。
台灣公共衛生行政機關分為中央與省市地方各自進行。戰後以原總督府警務局的衛生課改組為衛生局，隸屬於臺灣省行政長官公署民政處，為臺灣省最高衛生行政主管機關。1947年，行政長官公署改制為省政府，將原本民政處下的衛生局改為省政府衛生處，由顏春輝擔任首任處長。在中央則有1947年5月成立的衛生部以及1949年後降編的內政部衛生司。而後由於經費與組織編制原因，中央的衛生事業較無法發揮作用，主要以臺灣省政府衛生處在推動執行在臺的公衛事業。直至1971年行政院衛生署成立後，中央的衛生業務才逐漸發揮功效。
在藥事行政方面，戰後有關藥事的管理由臺灣省行政長官公署民政處衛生局的第四課主管其業務。臺灣省政府設立後，管理單位則改由衛生處第三科管理。藥政主要分為藥商管理與藥品管理兩類，當時臺灣的藥商分有西藥商、中藥商、西藥種商、中藥種商、臨時西藥種商、臨時中藥種商、成藥調製商、藥品零售商、成藥攤販商等九類。並以〈臺灣省管理藥商辦法〉，針對各類藥商進行管理規範。藥品管理方面則以〈臺灣省查驗成藥辦法〉來規範藥品的調製、輸入與使用。

　　戰後臺灣的醫學教育發展，主要有兩支流，一支以日治時期遺留下來的國立臺灣大學醫學院為主，另一支以遷臺後的國防醫學院為主，共同促進臺灣公衛與醫療教育體系的發展。
除了這兩所醫學院外，在1950年代後，也陸續成立了醫學院，如1954年成立的高雄醫學院、1958年成立的中國醫藥學院醫科、1960年成立的臺北醫學院等。這些大專院校醫學科系的成立，使得我國的醫學教育逐漸朝向完備與多元發展，也讓我國公衛與醫學逐漸成為國際重視的一環。