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　　白色恐怖時期關押與訊問政治犯的場域，最惡名昭彰之處是被形容人間地獄的保密局。國防部保密局前身是軍事委員會調查統計局（即軍統局），隨軍事委員會於民國35年（1946）年6月因國防部成立而撤銷，軍統局亦改組為保密局，其行動重心由既往戰時的「抗日鋤奸」轉為「對匪鬥爭」，隨後亦成為1950年代偵辦政治案件的主力。
　　保密局在臺北的看守所主要有兩處，除羈押未決犯之外，亦有拘禁、訊問政治犯功能。起初，保密局大多利用保安司令部本部旁、沿用自過去日治時期的「臺北衛戍監獄」，亦即俗稱的「南所」（今臺北市延平南路133巷2號）；隨著政治犯人數日增，保密局著手規劃、運用自政治犯手中取得的地產──因支助地下黨成員呂赫若而於民國39年（1950）年被捕的辜顏碧霞，她家中的「高砂鐵工廠」因而遭沒收，並被改造為審訊囚禁空間，成為保密局北所。由於北所空間較寬闊、可收容人數較多，保密局遂於民國39年（1950）年5月將北所規劃為保密局看守所總所，原有南所則成了分所。1950年代，不少政治犯都有在南所、北所間搬移關押、訊問的經驗。由工廠與簡易工寮改建的北所，約有20間押房，其中兩間專門關押女性。除了進行初步審訊之外，亦有因另案而將人犯再次押至保密局再次訊問的案例，如因郭琇琮涉入臺北市工委會案的林雪嬌即為一例。
　　偵訊地點除了國防部保密局外，亦有部分由臺灣省政府警務處刑警總隊主導。如桃園人彭秀敏，1931年生，畢業於臺北省立女子師範學校普通科，畢業後於小學任教。民國41年（1952）年3月苗栗縣警察局根據某自首人士的供詞，逮捕彭秀敏。她當時為臺北市龍安國校的教師，母親彭林秀華與丈夫呂傅裕都是臺北電力公司的職員，為普通的公務人員家庭，且懷有身孕。她被捕後先押送至臺灣省警務處刑警總隊訊問，5月送保安司令部保安處，7月送軍法處審訊，9月2日遭判處有期徒刑5年，旋因即將臨盆，9月15日申請保外生產，11月時回監服刑。
　　然而，在刑警總隊的檔案卻可發現，警方逮捕彭秀敏之後曾經未經軍法審判，就將她送交感訓。民國41年（1952）年3月刑警總隊將辦案結果送交保安司令部保安處，核定要將她送往內湖的新生訓導總隊感訓。4月7日新生訓導總隊卻回覆說明該隊無設置女生宿舍，因此將她還押刑警總隊，等待上級通知何時將她轉送往綠島新生訓導處感訓。特別需要注意，檔案公文裡提及位於內湖的保安司令部新生訓導總隊已於民國40年（1951）年4月1日改編為保安司令部新生訓導處，並遷址於綠島。然而刑警總隊與保安處往來的公文沒有寫上改編後的機構名稱，意即民國41年（1952）年時，執行受難者的感訓已屬位於綠島的新生訓導處所管轄。

　　1950年代，政治案件一被偵破，不少政治犯遭警務處緝拿，再移送臺灣省保安司令部保安處偵訊、關押。當時，保安處占用日治時期的東本願寺作為辦公、關押空間，地址位於今臺北市西寧南路36號（範圍約在臺北市西門町的昆明街、漢口街、武昌街、西寧南路之間），占地約2,615坪。
　　保安處看守所為地下一層、地上三層的建築。一樓有四排牢房，左右各兩排，約有四間偵訊室和二十間牢房。每間牢房約三坪大，每間需容納二十人，空間相當擁擠。二樓有其他監禁地少有的獨囚房，每間僅約一張榻榻米大小，空間狹窄昏暗。因此處前身是東本願寺的緣故，情治人員經常戲稱看守所為「大廟」，但這卻成了政治犯眼中的「閻羅殿」。根據張常美女士的回憶，她於民國42年（1953）年因「綠島再叛亂案」被送回臺灣省保安司令部保安處，起初先被送至獨居房，空間小又無獄友，住了一個月「整個人都快瘋了」；後來她才被移至一樓囚室，與傅如芝等人同寢。
　　民國57年（1968）年，隨著保安處看守所遷入博愛路上營區新址後，東本願寺址則由財政部國有財產局標售予民間，改建為現西門町的獅子林新光商業大樓、六福西門大樓與誠品百貨等大樓。

　　政治犯在臺灣省保安司令部保安處或國防部保密局偵訊終結後，被點交、移送往軍法處看守所等待判決。
　　臺灣省保安司令部軍法處看守所，位於今忠孝東路一段以南、林森南路以西、青島東路以北、鎮江街以東之街廓，與國防部軍法局看守所、國防部臺北軍人監獄等單位相鄰，地址為：臺北市青島東路3號。此址一直延用到臺灣省保安司令部整編改組為臺灣省警備總司令部初期，民國56年（1967）年後警備總司令部軍法處看守所方才搬遷至仁愛樓看守所（今國家人權博物館白色恐怖景美紀念園區）。
　　臺灣省保安司令部軍法處下轄二科、一間看守所。軍法處看守所共計有小型押房二十八間、六人押房與八人押房各有十六間，總計六十間押房。民國38年（1949）年《戒嚴令》頒布以來，許多無涉軍人身分的案件亦交軍法處審理，導致看守所嚴重超收，關押空間惡劣。民國40年（1951）年初，保安司令部有感於軍法處看守所人犯過多、擁擠不堪，「雖經一再疏通仍有三百餘名」，一度向新生總隊商量將該處判處有期徒刑十年以下的140名「匪犯」移交收押，並獲該隊許可。
　　據涉入臺北工委會案的陳勤女士回憶，軍法處看守所關押人數眾多，不過被移送至此處後，其家屬方有機會得知被捕者資訊與下落。如涉入臺中工委會張伯哲等案的臺中女中學生簡照霞，其父即是在簡照霞被移交軍法處看守所後方得知其消息，並特別去函軍法處懇請盡早將其女移轉至臺中監獄，以便接見探視。
　　被關押到軍法處看守所，伴隨而來的是提訊與庭訊、判決，而判決後經常伴隨而來的便是處刑或移監。陳勤回憶道，在軍法處看守所期間，若凌晨聽到號角聲，就是有人要被槍決的信號，民國39年（1950）年幾乎每天都有人被槍決。倘若連自身案情如何都尚不清楚的人，日日都朝不保夕地繃緊了神經。她為了腹中胎兒著想，遂拼命寫交保書申請保外就醫。由於偵訊期間刑求與逼供並非罕事，後續鹿窟案的二位女性被告李玉蘭與廖惜，在保安司令部軍法處第一法庭上庭訊完由審判長周咸慶宣讀判決書後，李玉蘭與廖惜皆喊冤、哭泣，堅決不捺指紋，深怕這將成為她們的終局。

　　政治案件受難者被逮捕、關押，並經保安司令部軍法處審判完成之後，若被判處有期、無期徒刑，其遭遇是繼續軍法處或其他監獄關押，判處死刑者則在幾個月內盡速送交槍決。
　　1940年代末期至民國40年（1951）年前的刑場，主要選在新店溪河畔的馬場町刑場，由憲兵第四團負責執行，民國39年（1950）年前後尤其槍決了大量政治犯。約莫自民國40年（1951）年4月起，水源地一帶（約在今公館河岸）逐漸取代馬場町成為主要刑場，地點由螢橋一帶逐漸往上游遷移至當時國防醫學院附近（今臺大檔案館周遭），同樣由憲兵第四團執行槍決。在高草等案中被判處死刑的高草、楊源盛、蕭彩祥等三人，其執行書上則可看到刑場地點由水源路刑場轉移至川端橋的調整。
　　隨後約在1952年2月前後，刑場地點轉而選擇在居民相對稀少的川端橋南端，主要由憲兵第八團負責行刑，此地點一路使用至民國42年（1953）年底。不過亦有如涉入李媽兜案的陳淑端遭槍決時，則選在川端橋中段一帶執行。
　　民國43年（1954）年以來，刑場地點繼續往新店溪上游遷移，選址於新店安坑靠山區第三公墓一帶，此後刑場地點不再如既往在河畔處刑。一直到民國77年（1988）年左右，安坑刑場的功能才逐漸由司法監獄取代，使用時間長達30多年。

　　張常美憶述她在軍法處判決後，因為看守所人太多，關不下，被送去臺北監獄；在臺北監獄不知過了幾個月，又不夠關了，將中南部出身的政治犯送往臺南監獄。女性受難者對於關押地點偶有遷移的經驗能與檔案內容作一對照。
　　全臺灣目前由法務部矯正署所管轄的監獄，共有設置於各縣市的29處。其中，曾經關押女性受難者的監獄有臺北監獄、臺南監獄，以及新竹少年監獄（今新竹監獄）。
　　在民國69年（1980）年7月1日審檢分隸之前，監獄隸屬於司法行政部(1980年改制為法務部，2011年再改制為法務部矯正署)，例如現今的法務部矯正署臺北監獄，前身為屬於司法體系的臺灣臺北監獄。雖然監獄屬於司法體系，但在戒嚴時期關押臺灣省保安司令部寄押的叛亂犯。使得臺北監獄典獄長在民國40年（1951）年向臺灣高等法院提出報告，指出臺北監獄在日治時代設立，按照規定僅能收容人犯1,200名，在二次大戰時監獄受盟軍轟炸，監舍倒塌兩棟，以每棟監舍可容納200名人犯計算，已經減少400名的空間。二戰後一直到民國40年（1951）年，由於經費短缺遲遲未修復監舍。加上監獄內已經收容包含叛亂犯79名以及軍事犯、司法犯等人犯，共有一千五百餘人，已經超收一倍的人數。因此典獄長請高等法院向臺灣省保安司令部洽商，將臺北監獄內的叛亂犯移到綠島或金門等處執行徒刑。最後，保安司令部核准將該監所的政治犯移到綠島。
　　同時，高等法院命令各地監獄回報各監獄內關押的政治犯人數與名單。因此從這次民國40年（1951）年的清查可以得知當時關押於臺北監獄者有朱瑜、簡昭子、辜顏碧霞、林雪嬌、馮守娥、林坦、陳勤、蕭素梅、王惠嫦，共9人。臺南監獄的叛亂犯當時共有女性7人，1名男性，女性政治犯為張金杏、張常美、陳嫊珠、張彩雲、黃采薇、蕭志明（張金杏受訪時提到她帶著綽號「小胖」的兒子一同坐牢）、鄒淑靜這7人，以及張金杏提到臺南監獄還有其他政治犯，便是從臺中監獄移監到臺南監獄的鍾逸人。並根據張金杏與張常美的回憶，當時在臺南監獄時不用被關在牢房裡，獄方的看守不太嚴格，方便親人送物品或到監所探監。
　　另外還有一處特殊的關押地為新竹少年監獄，民國40年（1951）年時有5名女性，分別為賀德巽、徐彩雲、許金玉、高秀玉、周淑貞關押於此。

　　牽涉于非案被判處10年有期徒刑的賀德巽，先後被關押在臺北監獄和新竹監獄，民國42年（1953）年送往綠島新生訓導處，編入女生分隊。賀德巽回憶她在綠島時獄方為了避免女性政治犯出獄後無法嫁人，用編號稱呼女性政治犯，男性則以名字稱呼。民國43年（1954）年母親賀吳景芬探監時看到女兒形體消瘦、罹病，而且由新生訓導處之醫務所醫師診斷她罹患中型肺結核，並指出由於新生訓導處欠缺醫療設備，建議應即早予以適當隔離。然而保安司令部認為中型肺病還不到非保外診治即難痊癒之程度，不予交保，令將賀德巽移送保安司令部軍法處看守所的病室隔離。因此她在綠島待了一年多，回到臺北軍法處，隨後移送土城的臺灣省生產教育實驗所。
　　在綠島的新生訓導處，女生分隊編號73號的張金杏回憶她在綠島時看過王荊樹幫女性受難者接生。因基隆中學案被判有期徒刑十年的王荊樹，為高雄人，1922年生，畢業於國立臺灣大學醫學院，專長為產婦人科。他從民國40年（1951）年5月從臺北軍人監獄移送綠島新生訓導處，被編入第二大隊第五中隊。
　　女生分隊的陳勤也憶述她們可以固定在每週四向獄方申請看醫生，由幹事帶她們去醫務所。所謂的醫生便是同樣在綠島的男性醫師難友，王荊樹、呂水閣、胡鑫麟等人都曾在醫務所為難友、獄方人員與當地居民義診。

　　威權統治時期的政治犯遭受的不人道待遇，除了被處以漫長的刑期，長期與世隔離，在監獄期間還需接受思想考核與思想改造，具體施行思想改造的場所為生產教育實驗所。有些是遭判處感訓的政治犯被送至生產教育實驗所服刑，另一些是有期徒刑的政治犯送往綠島新生訓導處服刑，在刑期的最後幾年，經考核確定有悛悔成效者，送回臺灣本島的生產教育實驗所進行最終的思想改造與考核，反之，繼續留在綠島或送小琉球繼續接受感訓。
　　民國40年（1951）年7月臺灣省政府在臺北大直籌設「臺灣省生產教育實驗所籌備處」，民國43年（1954）年7月1日「臺灣省生產教育實驗所」正式成立，設立於土城清水坑（舊址：土城鄉清水村3號，今新北市土城區仁愛路23號），占地約十公頃。由臺灣省保安司令部直接指揮、督導感訓工作；民國60年（1971）年改隸臺灣警備總司令部，民國63年（1974）年8月改名為「仁愛教育實驗所」（簡稱仁教所），又名「仁愛莊」。
　　檔案中可見到幾位女性受難者從原本由司法行政部調查局寄禁在軍人監獄，民國46年（1957）年9月國防部令軍人監獄將她們送往生產教育實驗所服刑。軍人監獄回覆這13名女性叛亂犯，經過與生產教育實驗所洽商，除了張彩雲、吳素珠、姜民權三人因病，實驗所限於實際困難不予收容之外，其餘蕭尾、林雪嬌、李碧霞、侯永庚、周碧霞、黃竹櫻、張金爵、胡碧英、劉月青、林皇仙這10人轉送生產教育實驗所寄禁。隔年民國47年（1958）年9月軍人監獄行文給新店鎮公所通知將蕭尾等10名的戶籍遷出至生教所，從〈戶籍登記申請書〉可知政治犯的戶籍是掛在所屬的監獄單位，例如蕭尾等人關押在軍人監獄時，所屬的戶籍為「共同生活事業戶」，共同事業戶戶長即是當時軍人監獄典獄長李正漢。
　　另一方面，在土城的生產教育實驗所的女性受難者之中，有幾位帶著小孩一同服刑，而孩子們到了就學的學齡便就讀實驗所附近的清水國小，其中一位便是自嘲自己是「臺灣最小的政治犯」的導演洪維健（1950-2018）。
　　洪維健的雙親皆為受難者，安徽人洪世鼎（1922-1997）與福建人朱瑜（1928-1996），夫妻二人都是于非(本名朱芳春)在臺灣省社會處主辦實用心理學補習班的學生，受于非邀集參加讀書會，介紹閱讀共匪理論，而遭牽連。
　　洪維健出生後跟著母親在牢裡生活5年。任職於教育廳辦事員的朱瑜在民國39年（1950）年5月被捕，送軍法處偵訊，旋即被依《懲治叛亂條例》第5條「參加叛亂之組織」判處有期徒刑10年。民國39年（1950）年11月30日保外分娩，停止執行刑期，至2月15日回監，在臺北監獄服刑，後送往綠島的保安司令部新生訓導處，1955年5月從新生訓導處轉送土城的臺灣生產教育實驗所，民國49年（1960）年才刑滿開釋。身為白色恐怖家屬後代，又是曾經歷經監獄生活的洪維健，1996年母親過世後，開始拍攝自傳紀錄片《暗夜哭聲》，2017年隨者更多檔案公開，他深入尋覓雙親政治案件的詳情，完成《暗夜哭聲》的新版《想我媽媽》，之後持續發揮所長，花費多年歲月拍攝多部白色恐怖紀錄影片，例如講述25位白恐受難者事蹟的《白色恐怖追思》、追查中國國民黨黨產的的《風雲黨產》以及獨裁政權統治者蔣家父子的《風雲行館》，不只是為受難者發聲，更是透過鏡頭留下他行走臺灣各處當地的人文地景與歷史記憶。
　　民國80年（1991）年1月，仁愛教育實驗所在政府即將宣布終止動員戡亂時期之際，考量到該所須中止感訓，便將從1955年創設開始歷年經手的政治犯個案資料整理成清冊，再移交給其上級臺灣警備總司令部的總辦公室業管中心永久保存，便於日後調閱。仁愛教育實驗所之原址改由臺北縣團管區司令部進駐，改制為新北市後備指揮部。