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　　作為情治系統的臺灣保安司令部的佈線方法有二，主要分為「打入」（即俗稱的「臥底」）與「拉出」（即「就地吸收」人員，將其轉作運用人員）兩大類。在處理「湯守仁叛亂案」時，保安司令部兩個方法皆有使用，像是派遣情治人員偽裝成一般人，長期跟監湯守仁，將其一言一行都記錄下來。 在「拉出」的運用人員方面，林瑞昌就是屬於此類，在「月華園會議」像保密司令部的組長黃朝君報告過。 又或者林瑞昌曾與高澤照協助保安司令部處理臺中和平鄉國軍以槍枝向泰雅族人交換砂金，勸解臺中泰雅族人繳出槍枝。
　　另外，臺灣保安司令部處理「匪案」時，並不拘泥運用人員當下的狀態和立場。舉例來說，湯守仁原先庇護許石柱在阿里山上， 但隨著臺灣保安司令部獲破阿里山武裝案後，湯守仁除主動辦理自首外，還更近一步表達願意擔任「運用人員」協助逮補許石柱等人歸案。 可以看到湯守仁角色變換之快速，以及臺灣保安司令部為儘速逮補「匪諜」，即使知道湯守仁等人恐有庇護「匪徒」嫌疑，仍不吝將其先充作運用人員，以求逮補該案「匪徒」許石柱等人，此運用人員的做法也被臺灣保安司令部作為「懷柔」的方法之一。

　　國防部長白崇禧經蔣介石的授意來臺進行二二八事件的宣撫工作，由於臺灣原住民族在二二八事件展現相對克制的態度與保護公教人員等行為，臺灣原住民族也獲得白崇禧的稱讚與官方的獎勵。 而這種對臺灣原住民族慰勉與褒獎的方式成為日後國民黨政府處理山地事宜的常態。
　　從臺灣省工委會成員陸續被逮補的供詞和自白書，臺灣保安司令部其實已知高一生和湯守仁與省工委會成員有所接觸和協助，但仍有「餘匪」尚未歸案。以許石柱案為例，臺灣省保密司令部之所以同意湯守仁以「自新」的方式「將功贖罪」，主要是聽取彭孟緝建議後的決定。那麼，彭孟緝的建議是什麼？我們可以透過檔案一窺彭孟緝當時的想法。
彭孟緝一方面認為「高山同胞頭腦單純，如以武力緝捕，恐受匪慫恿挑撥，發生突變，為争取山地同胞歸服及推毀匪山地組織乃運用『政治方式』⋯⋯」。從這段文字可以看到彭孟緝對臺灣原住民族族輕視的態度，雖然提到希望爭取原住民族的認同，但更重要的是避免原住民族受到「共匪挑撥」而突生事端；同時彭孟緝建議要用「政治方式」解決湯守仁的問題。
　　在檔案中，彭孟緝提到為表示政府的寬容，特准湯守仁「悔過自新」，其目的在於擴大破獲山地組織。保安司令部聽取彭孟緝的建議後，同意高一生和湯守仁的「自新」，高、湯二人也陸續在民國39年（1950）10月中旬親筆寫下日文的自白書和悔過書， 也發誓要「痛改以往錯誤，貫徹政府命令，堅決為反共抗俄革命事業努力奮鬥⋯⋯」，同時會勸服族人坦誠自首。
　　彭孟緝認為吳鳳鄉的肅匪工作有「示範區」的作用，若能完成吳鳳鄉的檢肅行動則「其他山地各鄉都能迎刃而解」。彭孟緝曾表示若吳鳳鄉的肅匪工作順利完成，將贈送高一生和湯守仁「新樂園香煙五條、紅露酒二打」。 此時的彭孟緝展現出政府對原住民族的信任和寬容。
　　另外，在收繳原住民族槍械一事上，國民黨政權在初期採取比較寬鬆懷柔的態度，民國40年（1951），曾針對收繳山地私槍一事特別發函提醒不要引起原住民族反感，應順應民情並先曉諭法令後，再行收繳武器。 事後，臺灣省警務局對於高一生協助勸服族人繳出武器亦予以嘉獎。
　　只是對於高一生、湯守仁等人的懷柔政策卻意外引發部落內部其他族人的不滿，例如曾與高一生共同署名〈案內狀〉的安猛川（即安井猛）曾舉報新美農場主持人（即杜孝生，高一生之弟）勾結高一生和湯守仁等人利用新美農場私藏武器、侵佔美援物資、肥料、布疋、山地物產，不過臺灣省警務局陶一珊表示安猛川和高一生在部落內屬於不同派系，本就不合。 儘管該案因罪證不足而無法依「叛亂、匪諜」刑度起訴高一生，卻是高一生被冠上新美農場貪污、侵占等其他污名之肇始。
　　從上面的例子可以看出，臺灣保安司令部所提出的懷柔方法在處理匪諜事務只是暫時「容忍」高一生和湯守仁，其最大目標仍是要確認阿里山是否還有其他「匪諜」的存在。至於收繳武器所採取的寬容態度，其真正目的仍是以維持山地治安穩定與避免再掀衝突。至於高一生的貪污、侵佔等嫌疑也在此後展開調查，最後判刑定讞。

　　民國39年（1950）臺灣省保密司令部陸續逮補臺灣省工委會成員，其中劉水龍（許石柱之弟）被逮捕後，供稱吳鳳鄉高一生和湯守仁藏有大批武器，密謀在中共攻臺時擔任內應，惟當時事證尚不充分，臺灣保安部司令決定在湯守仁身邊安插情治人員。潛伏在湯守仁身邊監控的情治人員步凱（化名「路平」），負責記錄湯守仁的一言一行，定期回報至吳鳳治安指揮所，在撰寫監視報告時，會將湯守仁改稱「水易」。而步凱能夠成功臥底在湯守仁身旁，主要是湯守仁為經營「高興企業社」（又稱「高興行」）需要對外業務人才，經由同為山地小組的組長李憶推薦，湯基於信任李憶才決定任用步凱。
　　對湯守仁的監控到達什麼程度？除了湯守仁本人之外，其周遭親友、工作場所等人際網絡也都屬於監視範圍。舉一個日常生活情景為例，民國39年（1950）7月，湯守仁姪女湯秀鳳（省嘉女中高一學生）病逝於嘉義醫院，當天湯守仁整日在醫院內，晚間則與高一生、湯櫳華（湯守仁叔父、山地縣案）、周阿坤（嘉縣保安警務局、保安隊員、花蓮口人）、劉金山、范丁南等人飲酒。而在參加湯秀鳳的喪儀期間，步凱觀察到嘉義西門基督教教友約近百名之多，且與湯守仁相識者頗多。
　　湯守仁私下的牢騷抱怨也同樣記錄後回報。民國41年（1952）3月，步凱的監視報告寫著湯守仁的思想傾向日本及「共匪」，對政府的山地行政措施感到不滿且露於言表，對於頂頭上司不指派工作給湯，湯感到不滿和恐懼，湯憂心政府對他的不信任，於他不利。此外，步凱觀察到因為湯守仁擁有兩位妻子造成他在吳鳳鄉的影響力大減，迷戀日女和只顧個人享受的個性，不顧及族人的福利，讓親弟弟湯守正都曾直言批評湯守仁。
　　另外，步凱（路平）某次陪同高一生喝酒時，記錄到高一生的長女高菊花隨侍在側，高一生酒後失言的內容皆被路平鉅細靡遺地記錄。舉例來說，高一生曾在酒醉之後提到「臺灣不久就要獨立宣言了！」的話，路平當下詢問高一生是從何處聽來，或是哪個單位傳出來這類獨立宣言的話，以及是否應該向「上級報告」，結果高一生卻冒出：「報告給誰，報告了又有什麼用處，政府不會信任山地人的！」，高醫生還繼續說：「我們鄉公所裡的就是！」。這些酒後醉語經路平提交的監視報告，成為日後對高一生不利的「證據」。
　　我們可以看到上述情治人員步凱提交的報告內容極其詳細，連私下的情緒性發言和失言都被紀錄的情況下，對被監視的原住民族菁英來說相當不利。若第一線監視的情治人員為求表現而將監視報告誇大撰寫的話，當監視報告向上呈報到高層時，被監視的原住民族菁英完全沒有為自己辯駁的機會。 即使日後高一生、湯守仁等人逮捕後的自白書與偵訊筆錄試圖為自己發聲，卻不被國民黨政權所接受。

　　在日本統治期間，原住民族的獵槍一直都是管制的重點項目，戰後亦延續日本警察的管制措施。民國38年（1949）2月臺灣省警務處公布〈臺灣省山地人民借用獵槍及給予彈藥辦法〉，擬加強管制原住民族獵槍。民國40年（1951）12月更進一步公布〈臺灣省山地區域槍枝管理辦法〉，強制原住民族槍枝進行登記。
　　在收繳武器和追查原住民族私槍問題上，國民黨當局意外地擔心山地不穩，反而還發函提醒應先讓原住民族瞭解法令，不要招致原住民族的反感，以維護山地治安穩定。 那麼，為何收繳武器卻會引爆「自首不誠」的問題？
　　時間拉回民國36年（1947）二二八事件後，高一生、湯守仁曾經在民國36年（1947）4月20日辦理自新前答應繳回武器。然而民國39年（1950）獲破臺灣省工作委員會和阿里山武裝支部案的發展過程中，國民黨政府察覺高一生、湯守仁與「匪黨」接觸，後續約談高一生和偵訊湯守仁時，臺灣保安司令部保安處處長林秀欒與高一生談話，要求高一生策動原住民族自首、繳出武器之外，並強調「不究既往」。湯守仁則在偵訊時透露吳鳳鄉有經登記過的槍枝。
　　在民國39年（1950）10月這次的談話和偵訊後，高一生和湯守仁皆寫下親筆的自白書，也發誓願服從政府，還提出「肅清吳鳳鄉潛伏匪諜辦法」，自願返回阿里山逮捕臺灣省工委會「匪徒」許石柱等人， 但在逮補許石柱等人後，10月18日嘉義諜報組長洪維謀回報高一生願意繳回武器，但要求「報酬」發給吉普車一輛，得到保安處法官楊丕銘的口頭同意； 而保安處長林秀欒同意此時高一生的請求，但要求「武器要造清冊運至嘉義」且清點數目確認後電話回報，以及「擬發高一生吉普車不生問題」。
　　然而，高一生將繳回武器當作「交換條件」要求物資，反讓自身陷於於不利立場，這代表先前幾年的「自新」並沒有「完全誠實」， 而情治單位在本案初期偵訊湯守仁時，其口供也未曾揭露武器數量。10月底嘉義諜報組又指出湯守仁在山地藏槍的情報， 11月，湯守仁自己突表示願再繳出武器。 這樣擠牙膏式陸續繳出武器的做法，讓情治單位懷疑阿里山的武器沒有完全繳清，推測還有政府未掌握到的武器被藏在阿里山，成為日後情治單位不斷地猜忌高、湯等人的根源， 也成為日後高一生和湯守仁被視為「叛亂」的其中一個原因。