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廖文毅民國45年(1959)於東京成立「臺灣共和國臨時政府」後，軍事檢察官以其罪證確鑿於民國52年(1963)7月聲請沒收其財產，臺灣警備總部於同年11月27日裁定除了酌留家屬必需生活費用外，其餘財產一律沒收，所沒收財產總計共三千多萬圓。