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民國47年(1958)該部併入臺灣警備總司令部，持續執行戒嚴業務。民國76年(1987)即將解嚴之時，由於戒嚴期間涉嫌叛亂之彭明敏等人都未獲案，故臺灣警備總司令部將該案件交由臺灣高等法院檢察處偵辦，當時司令為陳守山。